معلومة

ما معنى وأهمية المسارات المتطرفة


هل يمكن لأحد أن يشرح لي ما هي المسارات المتطرفة؟ لقد وجدت هذا التعريف في هذه المقالة:

المسارات المتطرفة هي مجموعة فريدة ومحدودة من النواقل التي تميز تمامًا قدرات الحالة المستقرة لشبكات التمثيل الغذائي على نطاق الجينوم.

الآن ، بصراحة ، لم أفهم رأس أو ذيل هذا التعريف؟ ما هي الحالة المستقرة؟ ماذا يعني ذلك بقدرات الدولة المستقرة؟ هل يمكن لأحد أن يشرح لي بطريقة أبسط من فضلك؟ ملاحظة: أنا طالب في علوم الكمبيوتر


بالنسبة لأي نظام ديناميكي محدد بمكونات مختلفة ، فإن الحالة المستقرة هي حالة النظام التي تظل فيها المكونات ثابتة بمرور الوقت. إذا كنت تفكر في مثال النمو (عن طريق انقسام الخلية) ، فإن النقطة التي يظل فيها العدد الإجمالي للخلايا ثابتًا ستكون الحالة المستقرة. هذه هي النقطة التي عندها معدل المواليد = معدل الوفيات. وبالمثل بالنسبة لنظام متعدد المكونات مثل الجين ومنشطه ، فإن الحالة المستقرة ستكون النقطة التي تكون فيها mRNAs وبروتينات الجين ومنشطه ثابتة. إذا كانت مكونات قليلة فقط ثابتة ، يُقال أن النظام في حالة شبه ثابتة.

وتجدر الإشارة إلى أنه في الأنظمة الكيميائية (أو البيوكيميائية) ، تختلف الحالة المستقرة ، كمصطلح ، عن التوازن (في الفيزياء ، تُستخدم هذه المصطلحات بالتبادل). التوازن هو شرط عندما يكون المعدل الآجل = المعدل العكسي لتفاعل واحد قابل للانعكاس.

في المصطلحات الرياضية ، الحالة المستقرة هي النقطة التي يكون فيها معدل تغير المكونات = 0. في النموذج المعتمد على المعادلات التفاضلية العادية:

$$ frac {d bar {X}} {dt} = 0 $$ حيث $ bar {X} $ متجه يكون فيه كل عنصر مكونًا من مكونات النظام. في حالة مثال النسخ ، $ X (1) ، X (2)… $ سيكون mRNA ، بروتين ، مرنا المنشط وما إلى ذلك. بعبارة أخرى ، $ dfrac {dX (i)} {dt} = 0 $ لكل $ i $.

يجب أن تعني قدرات الحالة الثابتة خصائص النظام في حالته المستقرة.

يُطلق على نوع الدراسة الموصوفة في السؤال تحليل توازن التدفق الأيضي حيث يتم وصف التفاعلات الأيضية المختلفة في شكل معادلات خطية ممثلة بـ $ Sv = 0 $ حيث $ v $ هو ناقل جميع التدفقات (معدلات التفاعل الأيضي) $ S $ هي مصفوفة القياس المتكافئ (التي تحتوي على قياس العناصر المتكافئة لجميع المكونات في تفاعلات التمثيل الغذائي المختلفة). RHS هو صفر لأننا نقوم بتقييم النظام في حالته المستقرة ، أي أننا مهتمون بمعرفة الحالة التي يكون فيها تدفق تفاعل الأيض الصافي 0. وبعبارة أخرى ، جميع التفاعلات الأيضية ، توازن بعضها البعض.

تحتاج إلى قراءة المزيد عن هذا. هناك الكثير من الكتب حول هذا الموضوع. يمكنك البدء بهذه المراجعة.

في تحليل توازن التدفق ، يتم تحديد المعادلات الخطية بشكل مفرط ، أي أن هناك العديد من الحلول. يستخدم الناس بشكل عام البرمجة الخطية (الخوارزمية البسيطة) لإيجاد الحلول المثلى. في فضاء الحلول المثلى ، تمثل الرؤوس ردود فعل متطرفة. يمكن وصف مساحة الحل الأمثل بأكملها على أنها مزيج خطي من هذه التفاعلات المتطرفة.

تمثيل تخطيطي لمخروط محدب يتميز بخمسة مسارات متطرفة. المسارات المتطرفة 1-5 (EP1، EP2، EP3، EP4، و EP5) حصر مساحة الحل للتدفقات الثلاثة المشار إليها (vأ، الخامسب، الخامسج). EP4 يكمن في الطائرة التي شكلتها التدفقات vأ و vب. وبالتالي ، يتدفق vج لا تشارك في هذا المسار المتطرف. EP3، EP4، و EP5 كلها قريبة وتمثل استخدامات مختلفة للشبكة لتحقيق نتيجة عامة مماثلة. يمكن وصف جميع النقاط داخل المخروط المحدب على أنها مزيج خطي غير سلبي من المسارات المتطرفة [1].


يكشف تحليل المسار الشديد عن القواعد المنظمة لتنظيم التمثيل الغذائي

الانتماءات مختبر شنغهاي الرئيسي لمعالجة المعلومات الذكية ، جامعة فودان ، شنغهاي ، الصين ، كلية علوم وتكنولوجيا الكمبيوتر ، جامعة فودان ، شنغهاي ، الصين ، معهد شنغهاي جي آي للوراثة والتلقيح الاصطناعي ، مستشفى التوليد وأمراض النساء بجامعة فودان ، شنغهاي ، الصين

تصور الأدوار والإشراف والتحقق والكتابة - المراجعة والتحرير

الانتماءات مختبر شنغهاي الرئيسي لمعالجة المعلومات الذكية ، جامعة فودان ، شنغهاي ، الصين ، كلية علوم وتكنولوجيا الكمبيوتر ، جامعة فودان ، شنغهاي ، الصين


الملخص

يمكن وصف شبكات التمثيل الغذائي على نطاق الجينوم بمجموعة من المسارات المتطرفة الفريدة والمستقلة بشكل منهجي. تمتد هذه المسارات المتطرفة على مساحة محدبة وعالية الأبعاد تقيد جميع توزيعات تدفق الحالة المستقرة المحتملة التي يمكن تحقيقها بواسطة شبكة التمثيل الغذائي المحددة. المسارات المتطرفة على نطاق الجينوم المرتبطة بإنتاج الأحماض الأمينية غير الأساسية في المستدمية النزلية تم حسابها. أنها توفر نظرة ثاقبة على أداء شبكتها الأيضية. تم الحصول على ثلاث نتائج رئيسية. أولاً ، كانت هناك خرائط تدفق داخلي متعددة تتوافق مع حالات لا يمكن تمييزها خارجيًا. لقد تبين أن هناك ما متوسطه 37 حالة داخلية لكل متجه فريد لتدفق التبادل في المستدمية النزلية عندما تم استخدام الشبكة لإنتاج حمض أميني واحد مع السماح بثاني أكسيد الكربون والأسيتات كأحواض كربون. مع إدراج السكسينات كمخرجات إضافية ، زادت هذه النسبة إلى 52 ، بزيادة 40٪. ثانيًا ، أوضح تحليل مصائر الكربون أن المسارات المتطرفة كانت غير موزعة بشكل موحد عبر طيف مصير الكربون. في دراسة الحالة التفصيلية ، تمثل 45٪ من قيم مصير الكربون المتميزة المرتبطة بإنتاج اللايسين 85٪ من المسارات المتطرفة. ثالثًا ، وقع هذا التوزيع بين قيود نظامية متميزة. بالنسبة لإنتاج اللايسين ، فإن قيم مصير الكربون التي تمثل 85٪ من المسارات الموصوفة أعلاه تتوافق فقط مع نسبتين متميزتين من 1: 1 و 4: 1 بين ثاني أكسيد الكربون والأسيتات. حللت الدراسة الحالية المخرجات الفردية من كائن حي واحد ، وتوفر بداية لدراسات المسارات المتطرفة على نطاق الجينوم. تُظهر هذه التوصيفات الناشئة على مستوى النظام أهمية تحليل المسار الأيضي الشديد على مقياس الجينوم.

ساهم هؤلاء المؤلفين بالتساوي على هذا العمل.

المؤلف الذي يجب أن توجه المراسلات. البريد الإلكتروني: [email & # 160protected]


الفترة الحرارية المطلقة مقابل الفترة النسبية

باستخدام المعلومات الواردة أعلاه ، أصبح من الممكن الآن فهم الفرق بين فترة الانكسار المطلق وفترة الانكسار النسبية. من حيث إمكانية العمل ، تمنع فترات المقاومة تداخل المحفزات.

من الناحية النظرية ، تتطلب كل إمكانية فعلية حوالي ميلي ثانية واحدة ليتم إرسالها. هذا يعني أنه يمكننا أن نتوقع أن يقوم محور عصبي واحد بتوجيه ما لا يقل عن ألف جهد عمل كل ثانية في الواقع ، وهذا الرقم أقل بكثير. تستمر فترة المقاومة المطلقة لمدة مللي ثانية تقريبًا ، وتستغرق فترة المقاومة النسبية ما يقرب من ملي ثانية.

لا تحدث إمكانات العمل المتعددة في نفس العصبون في نفس الوقت بالضبط. هذا لأن العصبون يواجه حالتين مختلفتين يكون فيهما من المستحيل أو الصعب بدء جهد فعل ثانٍ. تصف هاتان الحالتان نوعين من فترات المقاومة.

أثناء مرحلة إزالة الاستقطاب عندما تكون قنوات أيونات الصوديوم مفتوحة ، لا يمكن لأي محفز لاحق أن يخلق تأثيرًا إضافيًا. لا تفتح القناة الأيونية بالدرجات - فهي إما مفتوحة أو مغلقة. هذه هي الفترة الحرارية المطلقة (ARP) لإمكانات الفعل. لا يمكن أن يحدث احتمال الفعل الثاني "مطلقًا" في هذا الوقت. فقط بعد إغلاق قنوات أيون الصوديوم في هذا الجزء من الغشاء يمكن أن تتفاعل مع منبه ثانٍ.

تحدث فترة الانكسار النسبية (RRP) أثناء مرحلة فرط الاستقطاب. يكون غشاء الخلايا العصبية مشحونًا بشكل سلبي أكثر مما هو عليه في حالة الراحة ، حيث بدأت قنوات K + الأيونية في الإغلاق. ومع ذلك ، يتم إغلاق جميع قنوات أيون الصوديوم ، لذا فمن الممكن - من حيث المبدأ - بدء جهد عمل ثانٍ. هذا يتطلب حافزًا أقوى لأن الفضاء داخل الخلايا مشحون بشكل سلبي أكثر. لإثارة خلية عصبية من خلال الوصول إلى مستوى عتبة & # 8211 55 mV ، يلزم وجود حافز أكبر. لذلك ، من الصعب نسبيًا ولكن ليس من المستحيل بدء جهد فعل ثانٍ خلال فترة الانكسار النسبي.

تعتبر فترة المقاومة النسبية مهمة للغاية من حيث قوة التحفيز. يحدد المعدل الذي تنقل به الخلايا العصبية إمكانات العمل مدى أهمية هذا التحفيز. لا يوجد شيء مثل إمكانات الفعل الضعيفة أو القوية حيث تتطلب جميعها نفس المستوى من التحفيز الكهربائي أو الكيميائي. إما أن يتم تحقيق مستوى العتبة وتطلق الخلايا العصبية ، أو لا تفعل ذلك.

إن معدل إطلاق النار وليس قوة إطلاق النار هو الذي يسبب تأثيرات مختلفة. على سبيل المثال ، في مستويات الإضاءة المنخفضة ، تنقل الخلايا في شبكية العين إمكانات عمل أقل من تلك الموجودة في وجود الضوء الساطع. نرى أفضل بكثير عندما تكون مستويات الضوء عالية لأن المزيد من المعلومات تنتقل من شبكية العين إلى الدماغ في وقت قصير.


رابعا. التحكم في معدل الخطأ العائلي (FWER)

تعريف ال معدل الخطأ على مستوى الأسرة (FWER) هو احتمال وجود خطأ واحد على الأقل (1 أو أكثر) من النوع الأول

تصحيح Bonferroni

الطريقة الأكثر بديهية للتحكم في FWER هي تقليل مستوى الأهمية مع زيادة عدد الاختبارات. ضمان الحفاظ على FWER عبر الاختبارات المستقلة

يتم تحقيقه عن طريق تعيين مستوى الأهمية إلى.

إصلاح مستوى الأهمية عند. افترض أن كل اختبار مستقل يولد قيمة p ويعرف

المحاذير والمخاوف والاعتراضات

تصحيح Bonferroni هو شكل صارم للغاية للتحكم في الخطأ من النوع الأول بمعنى أنه يتحكم في احتمالية الرفض الخاطئ للفرضية الصفرية (أي). إحدى الحجج العملية ضد هذا الشكل من التصحيح هو أنه متحفظ بشكل مفرط ويؤثر على القوة الإحصائية (ويتلي 2002 ب).

تعريف ال القوة الإحصائية من الاختبار هو احتمال رفض فرضية العدم عندما يكون البديل صحيحًا

في الواقع ، تشير مناقشتنا أعلاه إلى أن التجارب واسعة النطاق هي ذات طبيعة استكشافية وأنه يجب أن نتأكد من أن أخطاء الاختبار هي نتيجة ثانوية. يمكننا قبول المزيد من الأخطاء المحتملة كمقايضة معقولة لتحديد الجينات الأكثر أهمية. هناك العديد من الحجج الأخرى التي تم طرحها خلال العقود القليلة الماضية ضد استخدام مثل هذه الإجراءات الرقابية ، والتي يحد بعضها من الناحية الفلسفية (Goodman 1998، Savitz 1995). بل إن البعض ذهب إلى حد المطالبة بالتخلي عن إجراءات التصحيح تمامًا (Rothman 1990). هناك حجتان على الأقل ذات صلة بسياق الاختبارات المتعددة التي تتضمن بيانات تجريبية واسعة النطاق.

1. الفرضية العدمية المركبة غير ذات صلة

يعتمد أصل تصحيح Bonferroni على الفرضية العامة القائلة بأن العمليات العشوائية البحتة فقط هي التي تحكم كل تنوع جميع الملاحظات الموجودة. الفرضية البديلة الشاملة هي أن بعض الارتباطات موجودة في البيانات. إن رفض الفرضية الصفرية يرقى إلى مجرد بيان أن واحدًا على الأقل من الافتراضات الكامنة وراء الفرضية الصفرية غير صالح ، ومع ذلك ، فإنه لا يحدد بالضبط أي جانب.

بشكل ملموس ، يمكن أن يكون اختبار العديد من الجينات للتعبير التفاضلي في خلايا العلاج والمراقبة على ميكروأري أساسًا لتصحيح Bonferroni. ومع ذلك ، فإن رفض الفرضية الصفرية المركبة التي تقول إن العمليات العشوائية البحتة تحكم التعبير عن جميع الجينات الممثلة في المصفوفة ليس أمرًا مثيرًا للاهتمام. بدلاً من ذلك ، يهتم الباحثون أكثر بالجينات أو المجموعات الفرعية التي تظهر أنماط التعبير غير العشوائية هذه بعد العلاج.

2. عقوبة التطفل و "القرصنة"

تتلخص هذه الحجة في الحجة التالية: لماذا يجب أن تؤثر نتيجة اختبار مستقل على نتيجة اختبار آخر؟

تخيل موقفًا يتم فيه إجراء 20 اختبارًا باستخدام تصحيح Bonferroni مع اعتبار كل اختبار "مهمًا" مع كل اختبار. من أجل المتعة ، نجري 80 اختبارًا آخر بنفس القيمة الاحتمالية ، ولكن الآن لم يعد أي منها مهمًا منذ الآن. يشار إلى هذه النتيجة المزعجة باسم "عقوبة النظرة الخاطفة".

بدلاً من ذلك ، "p-hacking" هي عملية تنظيم مجموعات البيانات بطريقة إبداعية بحيث تظل قيم p أقل من عتبة الأهمية. على سبيل المثال ، تخيل أننا نجري 100 اختبار وكل نتيجة في ملف. يعني مستوى الأهمية المعدل من Bonferroni عدم اعتبار أي من النتائج الأخيرة مهمة. لنفترض أننا قمنا بتقسيم هذه الاختبارات المائة إلى 5 مجموعات مكونة من 20 اختبارًا ونشرنا كل مجموعة على حدة. في هذه الحالة يكون مستوى الأهمية وفي جميع الحالات تكون الاختبارات مهمة.


ما هي أهمية علم الأحياء؟

علم الأحياء مهم لأنه يسمح للناس بفهم تنوع أشكال الحياة والحفاظ عليها واستغلالها. من خلال مختلف التخصصات البيولوجية ، يحصل الناس على المعرفة حول الحياة والكائنات الحية ، بما في ذلك أصل هذه الكائنات ونموها وتطورها وبنيتها وتوزيعها ووظيفتها.

يشير علم الأحياء إلى مسؤولية أساسية عن رفاهية جميع الأنواع الحية وحمايتها. يدرس جميع الكائنات الحية وكيف تتفاعل الكائنات الحية في المحيط الحيوي. هذا ضروري لأنه يمكّن الناس من معرفة سلوك ووظائف كل مجموعة تتفاعل مع أفراد من مجموعات أو مجتمعات أخرى. يكتشف علماء الأحياء كيف تؤثر الجوانب المحددة للمحيط الحيوي على سلوكيات سكان معينين وتستفيد منها.

يدرس علم الأحياء أيضًا أصل الأمراض والأوبئة ، مثل العدوى وأمراض الحيوانات والأضرار التي لحقت بالنباتات والأشجار. يشمل علم الأحياء دراسة وظائف الكائنات الحية ، وتعزيز الأنواع المفيدة ، والعوامل التي تسبب الأمراض ، واكتشاف الأدوية وإنتاجها والاستخدام المستدام للموارد الطبيعية. من خلال التكنولوجيا الحيوية ، يجد علماء الأحياء طرقًا فعالة لإنتاج الغذاء والإمدادات الأخرى للناس. إنهم يحققون في العمليات التي ينطوي عليها إنتاج المواد الغذائية المختلفة.

علاوة على ذلك ، يبحث علماء الأحياء في العوامل البيئية المحيطة بالكائنات الحية ويبحثون عن طرق فعالة لفهم الاختلافات في البيئة التي تهدد وجود الكائنات الحية على الأرض.


الفرق بين Apoplast و Symplast

يشير Apoplast إلى المكونات غير البروتوبلازمية للنبات ، بما في ذلك جدار الخلية والمساحات داخل الخلايا.

يشير Symplast إلى الترتيب المستمر للبروتوبلاست للنبات ، والتي ترتبط ببعضها البعض بواسطة plasmodesmata.

يتكون Apoplast من أجزاء غير بروتوبلازمية مثل جدار الخلية والفضاء داخل الخلايا.

يتكون Symplast من بروتوبلاست

يتكون Apoplast من أجزاء غير حية من النبات.

يتكون Symplast من أجزاء حية من النبات.

في Apoplast ، تحدث حركة الماء عن طريق الانتشار السلبي.

في symplast ، تحدث حركة الماء عن طريق التناضح.

في Apoplast ، تكون حركة الماء سريعة.

في symplast ، تكون حركة الماء أبطأ.

لا يؤثر معدل التمثيل الغذائي للخلايا في قشرة الجذر على حركة الماء.

يؤثر معدل التمثيل الغذائي للخلايا في قشرة الجذر بشكل كبير على حركة الماء.

يظهر مقاومة أقل لحركة الماء.

يظهر بعض المقاومة لحركة الماء.

مع النمو الثانوي للجذر ، يتحرك معظم الماء بواسطة طريق apoplast.

خارج القشرة ، يتحرك الماء عبر طريق symplast.

أوجه التشابه بين Apoplast و Symplast:

Apoplast و symplast هما طريقتان ينتقل بهما الماء من خلايا شعر الجذر إلى نسيج الخشب.

يحدث كل من apoplast و symplast في قشرة الجذر.

يحمل كل من apoplast و symplast الماء والمواد المغذية نحو نسيج الخشب.

مسارات لامتصاص الجذر من خلال Apoplast:

يوفر مسار السكتة الدماغية طريقًا نحو الخلية الوعائية من خلال المساحات الحرة وجدران الخلايا للبشرة والقشرة. يوجد مسار سكتة دماغية إضافي يسمح بالوصول المباشر إلى نسيج الخشب واللحاء على طول هوامش الجذور الثانوية. تم تطوير الجذر الثانوي من الدراجة المحيطية ، وهي طبقة خلوية داخل الأدمة الداخلية. يتميز الجلد الداخلي بشريط كاسباريان. تم تعريف Apoplast سابقًا على أنه كل شيء باستثناء symplast ، والذي يتكون من جدران خلوية ومسافات بين الخلايا حيث يمكن أن يتحرك الماء والمواد المذابة بحرية.


مراجع

شانافيلت تد ، هانسون سي ، ديوالد جي دبليو ، ويتسيج تي إي ، لابلانت ب ، أبراهامزون ج وآخرون. يرتبط تطور النمط النووي في تحليل التهجين الفلوري في الموقع بقصر البقاء على قيد الحياة في المرضى الذين يعانون من سرطان الدم الليمفاوي المزمن ويرتبط بتعبير CD49d. ياء نوتر أونكول 2008 26: e5 – e6.

Dohner H ، Stilgenbauer S ، Benner A ، Leupolt E ، Krober A ، Bullinger L وآخرون. الانحرافات الجينومية والبقاء على قيد الحياة في سرطان الدم الليمفاوي المزمن. إن إنجل جي ميد 2000 343: 1910–1916.

Pettitt AR ، Jackson R ، Carruthers S ، Dodd J ، Dodd S ، Oates M وآخرون. Alemtuzumab بالاشتراك مع methylprednisolone هو نظام تحريضي فعال للغاية للمرضى الذين يعانون من سرطان الدم الليمفاوي المزمن وحذف TP53: النتائج النهائية لتجربة المعهد الوطني لأبحاث السرطان CLL206. ياء نوتر أونكول 2012 30: 1647–1655.

سبانر دي. جرعة عالية من الجلوكوكورتيكويد عن طريق الفم وأوفاتوماب في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن المقاوم للفلودارابين. سرطان الدم 2012 26: 1144–1145.

Stilgenbauer S، Zenz T، Winkler D، Buhler A، Schlenk RF، Groner S وآخرون. المتوزوماب تحت الجلد في سرطان الدم الليمفاوي المزمن المقاوم للحرارة فلودارابين: النتائج السريرية وتحليلات العلامات النذير من دراسة CLL2H لمجموعة دراسة اللوكيميا اللمفاوية الألمانية المزمنة. ياء نوتر أونكول 2009 27: 3994–4001.

كاسترو جي ، جيمس دي إف ، ساندوفال-سوس دينار ، جاين إس ، بولي جي ، راسينتي إل وآخرون. ريتوكسيماب بالاشتراك مع جرعة عالية من ميثيل بريدنيزولون لعلاج ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. سرطان الدم 2009 23: 1779–1789.

Parikh SA و Keating MJ و O’Brien S و Wang X و Ferrajoli A و Faderl S وآخرون. العلاج المناعي الكيميائي في الخطوط الأمامية باستخدام فلودارابين ، سيكلوفوسفاميد ، ألمتوزوماب ، وريتوكسيماب لسرطان الدم الليمفاوي المزمن عالي الخطورة. دم 2011 118: 2062–2068.

دريجر ف ، دونر إتش ، ريتجن إم ، بوتشر إس ، بوش آر ، ديتريش إس وآخرون. يوفر زرع الخلايا الجذعية الخيفية تحكمًا دائمًا في المرض في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن منخفض الخطورة: النتائج السريرية ونتائج MRD لتجربة CLL Study Group الألمانية CLL3X. دم 2010 116: 2438–2447.

Wang L، Lawrence MS، Wan Y، Stojanov P، Sougnez C، Stevenson K وآخرون. SF3B1 وجينات السرطان الجديدة الأخرى في سرطان الدم الليمفاوي المزمن. إن إنجل جي ميد 2011 365: 2497–2506.

Quesada V، Conde L، Villamor N، Ordonez GR، Jares P، Bassaganyas L وآخرون. يحدد تسلسل إكسوم الطفرات المتكررة لجين عامل الربط SF3B1 في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. نات جينيه 2011 44: 47–52.

Zhang X ، Reis M ، Khoriaty R ، Li Y ، Ouillette P ، Samayoa J وآخرون. تحليل تسلسل 515 جين كيناز في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. سرطان الدم 2011 25: 1908–1910.

Ouillette P، Collins R، Shakhan S، Li J، Peres E، Kujawski L وآخرون. اكتساب عدد النسخ الجينومية الانحرافات والبقاء على قيد الحياة في سرطان الدم الليمفاوي المزمن. دم 2011 118: 3051–3061.

Gunnarsson R ، و Mansouri L ، و Isaksson A ، و Goransson H ، و Cahill N ، و Jansson M وآخرون. الفحص الجيني القائم على المصفوفة عند التشخيص وأثناء المتابعة في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. الدم 2011 96: 1161–1169.

Gunnarsson R و Isaksson A و Mansouri M و Goransson H و Jansson M و Cahill N وآخرون. ترتبط التعديلات الكبيرة ولكن ليست صغيرة في عدد النسخ بالانحرافات الجينية عالية الخطورة والبقاء على قيد الحياة في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن: فحص جينومي عالي الدقة للمرضى الذين تم تشخيصهم حديثًا. سرطان الدم 2010 24: 211–215.

ليمان S ، أوغاوا S ، ورينود SD ، و Sanada M ، و Nannya Y ، و Ticchioni M وآخرون. التنميط الوراثي الجزيئي لسرطان الدم الليمفاوي المزمن في مراحله المبكرة وغير المعالج. سرطان 2008 112: 1296–1305.

فايفر د ، بانتيك إم ، سكاتولا الأول ، راولوك جي ، كروتز سي ، مارتينز أوم وآخرون. تحليل على مستوى الجينوم لتغييرات رقم نسخ الحمض النووي و LOH في CLL باستخدام مصفوفات SNP عالية الكثافة. دم 2007 109: 1202–1210.

براون جيه آر ، حنا إم ، تيسار ب ، فيرنر إل ، بوتشيت إن ، أسارا جم وآخرون. يشير التحليل الجيني التكاملي إلى اكتساب PIK3CA عند 3q26 و MYC عند 8q24 في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. كلين كانسر ريس 2012 18: 3791–3802.

Grubor V، Krasnitz A، Troge JE، Meth JL، Lakshmi B، Kendall JT وآخرون. تم الكشف عن التعديلات الجينية الجديدة والتطور النسيلي في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن عن طريق تحليل ميكروأري قليل النوكليوتيد التمثيلي (ROMA). دم 2009 113: 1294–1303.

Kay NE، Eckel-Passow JE، Braggio E، Vanwier S، Shanafelt TD، Van Dyke DL وآخرون. يُظهر مرضى CLL التدريجي ولكن غير المعالجين سابقًا والذين لديهم مجموعة أكبر من تعقيد CGH استجابة أقل ديمومة للعلاج المناعي الكيميائي. جينات السرطان 2010 203: 161–168.

سادلر C ، Ouillette P ، Kujawski L ، Shangary S ، Talpaz M ، Kaminski M وآخرون. يحدد المرقم الحيوي الشامل والتحليل الجيني حالة p53 كمحدد رئيسي للاستجابة لمثبطات MDM2 في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. دم 2008 111: 1584–1593.

Ouillette P، Erba H، Kujawski L، Kaminski M، Shedden K، Malek SN. يحدد التنميط الجيني المتكامل لسرطان الدم الليمفاوي المزمن الأنواع الفرعية للحذف 13q14. الدقة السرطان 2008 68: 1012–1021.

Kujawski L، Ouillette P، Erba H، Saddler C، Jakubowiak A، Kaminski M وآخرون. يحدد التعقيد الجينومي المرضى الذين يعانون من ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن العدواني. دم 2008 112: 1993–2003.

ج هافرلاش ، ديكر إف ، شنيتجر إس ، كيرن دبليو ، هافيرلاخ تي. التوصيف الجيني الشامل لـ CLL: دراسة على 506 حالة تم تحليلها باستخدام تحليل نطاقات الكروموسوم ، وحالة FISH البينية ، وحالة IgV (H) والتنميط المناعي. سرطان الدم 2007 21: 2442–2451.

Ouillette P، Fossum S، Parkin B، Ding L، Bockenstedt P، Al-Zoubi A وآخرون. ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن العدواني مع ارتفاع التعقيد الجيني مرتبط بعيوب جينية متعددة في الاستجابة لانكسارات الحمض النووي المزدوجة. كلين كانسر ريس 2010 16: 835–847.

بريت كومبتون ب ، لين تي تي ، أحمد جي ، ويستون الخامس ، جونز ري ، فيجان سي وآخرون. يعتبر التآكل الشديد للتيلومير في مرضى CLL المتحورين من أجهزة الصراف الآلي والمرضى المحذوفين 11q مستقلاً عن مرحلة المرض. سرطان الدم 2012 26: 826–830.

Augereau A، T’Kint de Roodenbeke C، Simonet T، Bauwens S، Horard B، Callanan M وآخرون. يرتبط تلف التيلومير في المرحلة المبكرة من ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن بخلل في التنظيم. دم 2011 118: 1316–1322.

لين تي تي ، ليتسولو بي تي ، جونز ري ، روسون جيه ، برات جي ، هيوامانا إس وآخرون. ضعف التيلومير والاندماج أثناء تطور سرطان الدم الليمفاوي المزمن: دليل على أزمة التيلومير. دم 2010 116: 1899–1907.

Brugat T، Nguyen-Khac F، Grelier A، Merle-Beral H، Delic J. تنشأ البؤر التي يسببها ضعف التيلومير مع بداية عمليات الحذف التيلوميرية والانحرافات الصبغية المعقدة في خلايا سرطان الدم الليمفاوي المزمن المقاومة. دم 2010 116: 239–249.

Roos G، Krober A، Grabowski P، Kienle D، Buhler A، Dohner H وآخرون. ترتبط التيلوميرات القصيرة بالتعقيد الجيني والانحرافات الجينية عالية الخطورة والبقاء قصيرًا في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. دم 2008 111: 2246–2252.

Bullrich F، Veronese ML، Kitada S، Jurlander J، Caligiuri MA، Reed JC وآخرون. الحد الأدنى من الفقد عند 13q14 في سرطان الدم الليمفاوي المزمن في الخلايا البائية. دم 1996 88: 3109–3115.

ليو واي ، هيرمانسون إم ، غراندر د ، ميروب إم ، وو إكس ، هيمان م وآخرون. 13q الحذف في الأورام الخبيثة اللمفاوية. دم 1995 86: 1911–1915.

كالاتشيكوف إس ، ميجلياتزا أ ، كيانيس إي ، فراتشيولا إن إس ، بونالدو إم إف ، لوتون وآخرون. حذف الاستنساخ ورسم الخرائط الجينية لمنطقة الكروموسوم 13q14 في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. علم الجينوم 1997 42: 369–377.

Kitamura E ، Su G ، Sossey-Alaoui K ، Malaj E ، Lewis J ، Pan HQ وآخرون. خريطة نسخ للمنطقة المحذوفة إلى الحد الأدنى من 13q14 في سرطان الدم الليمفاوي المزمن للخلايا B كما هو محدد بواسطة التسلسل على نطاق واسع للمنطقة الحرجة 650 كيلو بايت. الأورام 2000 19: 5772–5780.

Kapanadze B ، Makeeva N ، Corcoran M ، Jareborg N ، Hammarsund M ، Baranova A وآخرون. تحليل تسلسل مقارن لمنطقة على كروموسوم بشري 13q14 ، يتم حذفه بشكل متكرر في سرطان الدم الليمفاوي المزمن للخلايا B ، ومنطقته المتماثلة على كروموسوم الفأر 14. علم الجينوم 2000 70: 327–334.

Migliazza A، Bosch F، Komatsu H، Cayanis E، Martinotti S، Toniato E وآخرون. تم حذف تسلسل النوكليوتيدات وخريطة النسخ وتحليل الطفرات للمنطقة الكروموسومية 13q14 في سرطان الدم الليمفاوي المزمن للخلايا البائية. دم 2001 97: 2098–2104.

Mabuchi H ، Fujii H ، Calin G ، Alder H ، Negrini M ، Rassenti L وآخرون. استنساخ وتوصيف CLLD6 و CLLD7 و CLLD8 ، وهي جينات مرشحة جديدة لتكوين الدم في الكروموسوم 13q14 ، وهي منطقة يتم حذفها بشكل شائع في سرطان الدم الليمفاوي المزمن للخلايا البائية. الدقة السرطان 2001 61: 2870–2877.

Ouillette P ، Collins R ، Shakhan S ، Li J ، Li C ، Shedden K وآخرون. الأهمية النذير لعمليات حذف 13q14 المختلفة في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. كلين كانسر ريس 2011 17: 6778–6790.

Mosca L ، و Fabris S ، و Lionetti M ، و Todoerti K ، و Agnelli L ، و Morabito F وآخرون. تكشف تحليلات الجينوم التكاملي عن مجموعات فرعية متميزة جزيئيًا من مرضى سرطان الدم الليمفاوي المزمن للخلايا B مع حذف 13q14. كلين كانسر ريس 2010 16: 5641–5653.

باركر إتش ، روز زيريلي إم جي ، باركر إيه ، تشابلن تي ، ويد آر ، جاردينر إيه وآخرون. 13q تشريح حذف وتطور المرض في المرضى الذين يعانون من سرطان الدم الليمفاوي المزمن. سرطان الدم 2011 25: 489–497.

Fazi C، Scarfo L، Pecciarini L، Cottini F، Dagklis A، Janus A وآخرون. تستمر MBL ذات العدد المنخفض من السكان بشكل عام والتي تشبه CLL مع مرور الوقت دون تقدم سريري ، على الرغم من أنها تحمل نفس التشوهات الوراثية الخلوية لـ CLL. دم 2011 118: 6618–6625.

Lanasa MC، Allgood SD، Slager SL، Dave SS، Love C، Marti GE وآخرون. يُظهر تحليل النمط المناعي والتعبير الجيني عن كثرة الخلايا الليمفاوية للخلايا B وحيدة النسيلة الخصائص البيولوجية المرتبطة بالتشخيص الجيد لـ CLL. سرطان الدم 2011 25: 1459–1466.

كالين جي إيه ، دوميترو سي دي ، شيميزو إم ، بيتشي آر ، زوبو إس ، نوتش إي وآخرون. عمليات الحذف المتكررة والتنظيم السفلي لجينات الرنا الميكروي miR15 و miR16 عند 13q14 في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. بروك ناتل أكاد علوم الولايات المتحدة الأمريكية 2002 99: 15524–15529.

سامباث د ، ليو سي ، فاسان ك ، سولدا إم ، بودوفالي ف ك ، ويردا دبليو جي وآخرون. تتوسط هيستون ديستيلاسز في إسكات miR-15a و miR-16 و miR-29b في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. دم 2012 119: 1162–1172.

كلاين يو ، ليا إم ، كريسبو إم ، سيجل آر ، شين كيو ، مو تي وآخرون. تتحكم مجموعة DLEU2 / miR-15a / 16-1 في تكاثر الخلايا البائية وحذفها يؤدي إلى سرطان الدم الليمفاوي المزمن. الخلايا السرطانية 2010 17: 28–40.

Lia M، Carette A، Tang H، Shen Q، Mo T، Bhagat G وآخرون. تشريح وظيفي لموضع الكابت للورم للكروموسوم 13q14 باستخدام خطوط الماوس المعدلة وراثيا. دم 2012 119: 2981–2990.

رافيتشي إس ، ساليرنو إي ، سكاليوني بج ، مانوهار الخامس ، عباسي إف ، لين واي سي وآخرون. موضع microRNA-16 غير طبيعي مع تخليقي لـ 13q14 البشري المرتبط بـ CLL في الفئران NZB. دم 2007 109: 5079–5086.

Hammarsund M، Corcoran MM، Wilson W، Zhu C، Einhorn S، Sangfelt O وآخرون. توصيف جين مرشح جديد لـ B-CLL - DLEU7 - الموجود في موضع مثبط الورم 13q14. FEBS ليت 2004 556: 75–80.

براون جي آر ، هانا إم ، تيسار ب ، بوتشي إن ، فارتانوف أ ، فرنانديز إس إم وآخرون. تباين رقم نسخ السلالة الجرثومية المرتبط بالوراثة المندلية لـ CLL في عائلتين. سرطان الدم 2012 26: 1710–1713.

بالامارشوك أ ، إيفانوف أ ، نازاريان إن ، سانتانام يو ، ألدر إتش ، راسينتي إل وآخرون. تتضمن عمليات الحذف 13q14 في CLL تعاون مثبطات الورم. دم 2010 115: 3916–3922.

Dal Bo M و Rossi FM و Rossi D و Deambrogi C و Bertoni F و Del Giudice I وآخرون. يؤثر كل من حجم الحذف 13q14 وعدد الخلايا المحذوفة على التشخيص في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. الجينات والكروموسومات السرطان 2011 50: 633–643.

Liu Y، Szekely L، Grander D، Soderhall S، Juliusson G، Gahrton G وآخرون. تحتوي خلايا ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن مع الحذف الأليلي في 13q14 عادةً على جين واحد سليم من RB1: دليل على دور الموضع المجاور. بروك ناتل أكاد علوم الولايات المتحدة الأمريكية 1993 90: 8697–8701.

Stilgenbauer S، Dohner H، Bulgay-Morschel M، Weitz S، Bentz M، Lichter P. ارتفاع معدل الحذف الجيني للورم الأرومي الشبكي أحادي الموازي في سرطان الدم الليمفاوي المزمن للخلايا البائية الموضحة بواسطة علم الوراثة الخلوية بين الطور. دم 1993 81: 2118–2124.

Shanafelt TD ، Witzig TE ، Fink SR ، Jenkins RB ، Paternoster SF ، Smoley SA وآخرون. التقييم المستقبلي للتطور النسيلي أثناء المتابعة طويلة الأمد للمرضى الذين يعانون من سرطان الدم الليمفاوي المزمن في المرحلة المبكرة غير المعالج. ياء نوتر أونكول 2006 24: 4634–4641.

Malcikova J، Smardova J، Rocnova L، Tichy B، Kuglik P، Vranova V وآخرون. تثبيط أحادي الموازي و biallelic للجين TP53 في سرطان الدم الليمفاوي المزمن: الانتقاء والتأثير على البقاء والاستجابة لتلف الحمض النووي. دم 2009 114: 5307–5314.

Zenz T ، Habe S ، Denzel T ، Mohr J ، Winkler D ، Buhler A وآخرون. تحليل مفصل لعيوب مسار p53 في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن المقاوم للحرارة فلودارابين (CLL): تشريح مساهمة حذف 17p ، وطفرة TP53 ، وخلل p53-p21 ، و miR34a في تجربة سريرية مستقبلية. دم 2009 114: 2589–2597.

روسي د ، سيري إم ، ديمبروجي سي ، سوزي إي ، كريستا إس ، راسي إس وآخرون. القيمة النذير لطفرات TP53 في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن مستقلة عن Del17p13: الآثار المترتبة على البقاء على قيد الحياة بشكل عام والكسر الكيميائي. كلين كانسر ريس 2009 15: 995–1004.

دوهنر إتش ، فيشر ك ، بنتز إم ، هانسن ك ، بينر أ ، كابوت جي وآخرون. يتنبأ حذف الجين p53 بضعف البقاء على قيد الحياة وعدم الاستجابة للعلاج مع نظائر البيورين في ابيضاض الدم المزمن في الخلايا البائية. دم 1995 85: 1580–1589.

Zenz T، Krober A، Scherer K، Habe S، Buhler A، Benner A وآخرون. يرتبط تثبيط TP53 أحادي الموازي بسوء التشخيص في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن: ينتج عن توصيف جيني مفصل مع متابعة طويلة الأمد. دم 2008 112: 3322–3329.

ديكر إف ، هيرهولز إتش ، شنيتجر إس ، ناكاو إيه ، باتن إن ، وو إل وآخرون. يتنبأ اكتشاف طفرات TP53 في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن بشكل مستقل بتطور سريع للمرض ويرتبط ارتباطًا وثيقًا بالنمط النووي الشاذ المعقد. سرطان الدم 2009 23: 117–124.

Rosenwald A، Chuang EY، Davis RE، Wiestner A، Alizadeh AA، Arthur DC وآخرون. علاج فلودارابين للمرضى الذين يعانون من سرطان الدم الليمفاوي المزمن يستحث استجابة التعبير الجيني المعتمد على p53. دم 2004 104: 1428–1434.

تام CS ، Shanafelt TD ، Wierda WG ، Abruzzo LV ، Van Dyke DL ، O’Brien S وآخرون. من جديد الحذف 17p13.1 ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن يظهر تباينًا سريريًا مهمًا: تجربة M.D. Anderson و Mayo Clinic. دم 2009 114: 957–964.

Best OG، Gardiner AC، Davis ZA، Tracy I، Ibbotson RE، Majid A. وآخرون. مجموعة فرعية من مرضى Binet في المرحلة A CLL الذين يعانون من تشوهات TP53 وجينات IGHV الطافرة لديهم مرض مستقر. سرطان الدم 2009 23: 212–214.

Knight SJ، Yau C، Clifford R، Timbs AT، Sadighi Akha E، Dreau HM وآخرون. التحديد الكمي للتوزيعات تحت النسلية للانحرافات الجينية المتكررة في عينات المعالجة المسبقة والعكس من المرضى المصابين بسرطان الدم الليمفاوي المزمن للخلايا البائية. سرطان الدم 2012 26: 1564–1575.

Braggio E، Kay NE، Vanwier S، Tschumper RC، Smoley S، Eckel-Passow JE وآخرون. يكشف تحليل الجينوم الطولي على نطاق واسع للمرضى الذين يعانون من سرطان الدم الليمفاوي المزمن عن تطور معقد للبنية النسيلية في تطور المرض وفي وقت الانتكاس. سرطان الدم 2012 26: 1698–1701.

Stilgenbauer S، Sander S، Bullinger L، Benner A، Leupolt E، Winkler D وآخرون. تطور نسيلي في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن: اكتساب الانحرافات الجينية عالية الخطورة المرتبطة بـ VH غير المحرض ، ومقاومة العلاج ، وقصر البقاء على قيد الحياة. الدم 2007 92: 1242–1245.

روسي إس ، شيميزو إم ، بارباروتو إي ، نيكولوسو إم إس ، ديميتري إف ، سامباث د وآخرون. تحدد بصمة microRNA لمرضى CLL مع حذف كروموسوم 17p درجة miR-21 التي تقسم البقاء على قيد الحياة في وقت مبكر. دم 2010 116: 945–952.

فيجان سي ، روبنسون إتش ، تومسون بي ، ويتاكر جا ، وايت د. تطور النمط النووي في CLL: تحديد مجموعة فرعية جديدة من المرضى الذين يعانون من عمليات حذف 11q والمرض المتقدم أو التدريجي. سرطان الدم 1995 9: 2003–2008.

نيلسون جونيور ، أوير آر ، وايت دي ، بيينز إن ، ووترز جي ، ويتاكر جا وآخرون. تحدد عمليات الحذف في 11q مجموعة فرعية من المرضى الذين يعانون من CLL نموذجي والذين يظهرون تقدمًا ثابتًا للمرض ويقلل من معدل البقاء على قيد الحياة. سرطان الدم 1997 11: 1929–1932.

Saiya-Cork K، Collins R، Parkin B، Ouillette P، Kuizon E، Kujawski L وآخرون. دور بيولوجي مرضي لمستقبلات الأنسولين في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. كلين كانسر ريس 2011 17: 2679–2692.

روسي د ، فانجازيو إم ، راسي إس ، فايسيتي تي ، مونتي إس ، كريستا إس وآخرون. يرتبط اضطراب BIRC3 بعلاج فلودارابين الكيميائي في سرطان الدم الليمفاوي المزمن من النوع البري TP53. دم 2012 119: 2854–2862.

Mohr J، Helfrich H، Fuge M، Eldering E، Buhler A، Winkler D وآخرون. برنامج النسخ الناجم عن تلف الحمض النووي في CLL: الآثار البيولوجية والتشخيصية لاختبار p53 الوظيفي. دم 2011 117: 1622–1632.

هيرلينج إم ، باتيل كا ، ويت إن ، ليلينثال إن ، هاليك إم ، كيتينج إم جي وآخرون. تعد المستويات العالية من TCL1 علامة على استجابة مسار مستقبل الخلايا البائية والنتائج السلبية في ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن. دم 2009 114: 4675–4686.

Tsimberidou AM، Tam C، Abruzzo LV، O’Brien S، Wierda WG، Lerner S وآخرون. قد يتغلب العلاج المناعي الكيميائي على الأهمية النذير السلبية لحذف 11q في المرضى الذين لم يتم علاجهم سابقًا والذين يعانون من سرطان الدم الليمفاوي المزمن. سرطان 2009 115: 373–380.

Dohner H، Stilgenbauer S، James MR، Benner A، Weilguni T، Bentz M وآخرون. تحدد عمليات الحذف 11q مجموعة فرعية جديدة من ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن للخلايا البائية التي تتميز بتدخل عقدي واسع النطاق والتشخيص الأدنى. دم 1997 89: 2516–2522.

شدين ك ، لي واي ، أويليت بي ، مالك سن. خصائص ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن مع الطفرات المكتسبة جسديًا في NOTCH1 exon 34. سرطان الدم 2012 26: 1108–1110.

Balatti V، Bottoni A، Palamarchuk A، Alder H، Rassenti LZ، Kipps TJ وآخرون. طفرات NOTCH1 في CLL المرتبطة بالتثلث الصبغي 12. دم 2012 119: 329–331.

لوبيز سي ، ديلجادو ي ، كوستا دي ، كوندي إل ، جيتا جي ، فيلامور إن وآخرون. Different distribution of NOTCH1 mutations in chronic lymphocytic leukemia with isolated trisomy 12 or associated with other chromosomal alterations. Genes Chromosomes Cancer 2012 51: 881–889.

Del Giudice I, Rossi D, Chiaretti S, Marinelli M, Tavolaro S, Gabrielli S وآخرون. NOTCH1 mutations in +12 chronic lymphocytic leukemia (CLL) confer an unfavorable prognosis, induce a distinctive transcriptional profiling and refine the intermediate prognosis of +12 CLL. الدم 2012 97: 437–441.

Decker S, Zirlik K, Djebatchie L, Hartmann D, Ihorst G, Schmitt-Graeff A وآخرون. Trisomy 12 and elevated GLI1 and PTCH1 transcript levels are biomarkers for Hedgehog-inhibitor responsiveness in CLL. دم 2012 119: 997–1007.

Zenz T, Vollmer D, Trbusek M, Smardova J, Benner A, Soussi T وآخرون. TP53 mutation profile in chronic lymphocytic leukemia: evidence for a disease specific profile from a comprehensive analysis of 268 mutations. سرطان الدم 2010 24: 2072–2079.

Puente XS, Pinyol M, Quesada V, Conde L, Ordonez GR, Villamor N وآخرون. Whole-genome sequencing identifies recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia. طبيعة سجية 2011 475: 101–105.

Fabbri G, Rasi S, Rossi D, Trifonov V, Khiabanian H, Ma J وآخرون. Analysis of the chronic lymphocytic leukemia coding genome: role of NOTCH1 mutational activation. J إكسب ميد 2011 208: 1389–1401.

Trbusek M, Smardova J, Malcikova J, Sebejova L, Dobes P, Svitakova M وآخرون. Missense mutations located in structural p53 DNA-binding motifs are associated with extremely poor survival in chronic lymphocytic leukemia. J Clin Oncol 2011 29: 2703–2708.

Gaidano G, Ballerini P, Gong JZ, Inghirami G, Neri A, Newcomb EW وآخرون. p53 mutations in human lymphoid malignancies: association with Burkitt lymphoma and chronic lymphocytic leukemia. بروك ناتل أكاد علوم الولايات المتحدة الأمريكية 1991 88: 5413–5417.

Zainuddin N, Murray F, Kanduri M, Gunnarsson R, Smedby KE, Enblad G وآخرون. TP53 mutations are infrequent in newly diagnosed chronic lymphocytic leukemia. Leuk Res 2011 35: 272–274.

Johnson GG, Sherrington PD, Carter A, Lin K, Liloglou T, Field JK وآخرون. A novel type of p53 pathway dysfunction in chronic lymphocytic leukemia resulting from two interacting single nucleotide polymorphisms within the p21 gene. Cancer Res 2009 69: 5210–5217.

el Rouby S, Thomas A, Costin D, Rosenberg CR, Potmesil M, Silber R وآخرون. p53 gene mutation in B-cell chronic lymphocytic leukemia is associated with drug resistance and is independent of MDR1/MDR3 gene expression. دم 1993 82: 3452–3459.

Wattel E, Preudhomme C, Hecquet B, Vanrumbeke M, Quesnel B, Dervite I وآخرون. p53 mutations are associated with resistance to chemotherapy and short survival in hematologic malignancies. دم 1994 84: 3148–3157.

Gonzalez D, Martinez P, Wade R, Hockley S, Oscier D, Matutes E وآخرون. Mutational status of the TP53 gene as a predictor of response and survival in patients with chronic lymphocytic leukemia: results from the LRF CLL4 trial. J Clin Oncol 2011 29: 2223–2229.

Zenz T, Eichhorst B, Busch R, Denzel T, Habe S, Winkler D وآخرون. TP53 mutation and survival in chronic lymphocytic leukemia. J Clin Oncol 2010 28: 4473–4479.

Sorror ML, Storer BE, Sandmaier BM, Maris M, Shizuru J, Maziarz R وآخرون. Five-year follow-up of patients with advanced chronic lymphocytic leukemia treated with allogeneic hematopoietic cell transplantation after nonmyeloablative conditioning. J Clin Oncol 2008 26: 4912–4920.

Malek S . Clinical utility of prognostic markers in chronic lymphocytic leukemia. ASCO Education Book 2010 [review] 263–267.

Bullrich F, Rasio D, Kitada S, Starostik P, Kipps T, Keating M وآخرون. ATM mutations in B-cell chronic lymphocytic leukemia. Cancer Res 1999 59: 24–27.

Schaffner C, Stilgenbauer S, Rappold GA, Dohner H, Lichter P . Somatic ATM mutations indicate a pathogenic role of ATM in B-cell chronic lymphocytic leukemia. دم 1999 94: 748–753.

Stankovic T, Weber P, Stewart G, Bedenham T, Murray J, Byrd PJ وآخرون. Inactivation of ataxia telangiectasia mutated gene in B-cell chronic lymphocytic leukaemia. لانسيت 1999 353: 26–29.

Austen B, Skowronska A, Baker C, Powell JE, Gardiner A, Oscier D وآخرون. Mutation status of the residual ATM allele is an important determinant of the cellular response to chemotherapy and survival in patients with chronic lymphocytic leukemia containing an 11q deletion. J Clin Oncol 2007 25: 5448–5457.

Ouillette P, Li J, Shaknovich R, Li Y, Melnick A, Shedden K وآخرون. Incidence and clinical implications of ATM aberrations in chronic lymphocytic leukemia. Genes Chromosomes Cancer 2012, (in press).

Austen B, Powell JE, Alvi A, Edwards I, Hooper L, Starczynski J وآخرون. Mutations in the ATM gene lead to impaired overall and treatment-free survival that is independent of IGVH mutation status in patients with B-CLL. دم 2005 106: 3175–3182.

Cejkova S, Rocnova L, Potesil D, Smardova J, Novakova V, Chumchalova J وآخرون. Presence of heterozygous ATM deletion may not be critical in the primary response of chronic lymphocytic leukemia cells to fludarabine. Eur J Haematol 2009 82: 133–142.

Lozanski G, Ruppert AS, Heerem NA, Lozanski A, Luca DM, Gordon A وآخرون. Variations of the ATM gene in chronic lymphocytic leukemia patients lack substantial impact on progression-free survival and overall survival: a Cancer and Leukemia Group B Study. Leuk Lymphoma 2012 53: 1743–1748.

Balatti V, Bottoni A, Palamarchuk A, Alder H, Rassenti LZ, Kipps TJ وآخرون. NOTCH1 mutations in CLL associated with trisomy 12. دم 2012 119: 329–331.

Rossi D, Rasi S, Fabbri G, Spina V, Fangazio M, Forconi F وآخرون. Mutations of NOTCH1 are an independent predictor of survival in chronic lymphocytic leukemia. دم 2012 119: 521–529.

Rossi D, Bruscaggin A, Spina V, Rasi S, Khiabanian H, Messina M وآخرون. Mutations of the SF3B1 splicing factor in chronic lymphocytic leukemia: association with progression and fludarabine-refractoriness. دم 2011 118: 6904–6908.

Brown JR, Levine RL, Thompson C, Basile G, Gilliland DG, Freedman AS . Systematic genomic screen for tyrosine kinase mutations in CLL. سرطان الدم 2008 22: 1966–1969.

Ngo VN, Young RM, Schmitz R, Jhavar S, Xiao W, Lim KH وآخرون. Oncogenically active MYD88 mutations in human lymphoma. طبيعة سجية 2011 470: 115–119.

Gahrton G, Robert KH, Friberg K, Zech L, Bird AG . Nonrandom chromosomal aberrations in chronic lymphocytic leukemia revealed by polyclonal B-cell-mitogen stimulation. دم 1980 56: 640–647.

Juliusson G, Oscier DG, Fitchett M, Ross FM, Stockdill G, Mackie MJ وآخرون. Prognostic subgroups in B-cell chronic lymphocytic leukemia defined by specific chromosomal abnormalities. N Engl J Med 1990 323: 720–724.

Peterson LC, Lindquist LL, Church S, Kay NE . Frequent clonal abnormalities of chromosome band 13q14 in B-cell chronic lymphocytic leukemia: multiple clones, subclones, and nonclonal alterations in 82 midwestern patients. Genes Chromosomes Cancer 1992 4: 273–280.

Dohner H, Stilgenbauer S, Fischer K, Bentz M, Lichter P . Cytogenetic and molecular cytogenetic analysis of B cell chronic lymphocytic leukemia: specific chromosome aberrations identify prognostic subgroups of patients and point to loci of candidate genes. سرطان الدم 1997 11: S19–S24.

Dicker F, Schnittger S, Haferlach T, Kern W, Schoch C . Immunostimulatory oligonucleotide-induced metaphase cytogenetics detect chromosomal aberrations in 80% of CLL patients: A study of 132 CLL cases with correlation to FISH, IgVH status, and CD38 expression. دم 2006 108: 3152–3160.

Put N, Konings P, Rack K, Jamar M, Van Roy N, Libouton JM وآخرون. Improved detection of chromosomal abnormalities in chronic lymphocytic leukemia by conventional cytogenetics using CpG oligonucleotide and interleukin-2 stimulation: a Belgian multicentric study. Genes Chromosomes Cancer 2009 48: 843–853.

Mayr C, Speicher MR, Kofler DM, Buhmann R, Strehl J, Busch R وآخرون. Chromosomal translocations are associated with poor prognosis in chronic lymphocytic leukemia. دم 2006 107: 742–751.

Heerema NA, Byrd JC, Dal Cin PS, Dell’ Aquila ML, Koduru PR, Aviram A وآخرون. Stimulation of chronic lymphocytic leukemia cells with CpG oligodeoxynucleotide gives consistent karyotypic results among laboratories: a CLL Research Consortium (CRC) Study. Cancer Genet Cytogenet 2010 203: 134–140.

Muthusamy N, Breidenbach H, Andritsos L, Flynn J, Jones J, Ramanunni A وآخرون. Enhanced detection of chromosomal abnormalities in chronic lymphocytic leukemia by conventional cytogenetics using CpG oligonucleotide in combination with pokeweed mitogen and phorbol myristate acetate. Cancer Genet 2011 204: 77–83.

Huh YO, Schweighofer CD, Ketterling RP, Knudson RA, Vega F, Kim JE وآخرون. Chronic lymphocytic leukemia with t(1419)(q32q13) is characterized by atypical morphologic and immunophenotypic features and distinctive genetic features. Am J Clin Pathol 2011 135: 686–696.

Martin-Subero JI, Ibbotson R, Klapper W, Michaux L, Callet-Bauchu E, Berger F وآخرون. A comprehensive genetic and histopathologic analysis identifies two subgroups of B-cell malignancies carrying a t(1419)(q32q13) or variant BCL3-translocation. سرطان الدم 2007 21: 1532–1544.

Ueshima Y, Bird ML, Vardiman JW, Rowley JDA . 1419 translocation in B-cell chronic lymphocytic leukemia: a new recurring chromosome aberration. Int J Cancer 1985 36: 287–290.

Nguyen-Khac F, Chapiro E, Lesty C, Grelier A, Luquet I, Radford-Weiss I وآخرون. Specific chromosomal IG translocations have different prognoses in chronic lymphocytic leukemia. Am J Blood Res 2011 1: 13–21.

Van Den Neste E, Robin V, Francart J, Hagemeijer A, Stul M, Vandenberghe P وآخرون. Chromosomal translocations independently predict treatment failure, treatment-free survival and overall survival in B-cell chronic lymphocytic leukemia patients treated with cladribine. سرطان الدم 2007 21: 1715–1722.

Rigolin GM, Cibien F, Martinelli S, Formigaro L, Rizzotto L, Tammiso E وآخرون. Chromosome aberrations detected by conventional karyotyping using novel mitogens in chronic lymphocytic leukemia with ‘normal’ FISH: correlations with clinicobiologic parameters. دم 2012 119: 2310–2313.

Visone R, Rassenti LZ, Veronese A, Taccioli C, Costinean S, Aguda BD وآخرون. Karyotype-specific microRNA signature in chronic lymphocytic leukemia. دم 2009 114: 3872–3879.

Kanduri M, Cahill N, Göransson H, Enström C, Ryan F, Isaksson A وآخرون. Differential genome-wide array-based methylation profiles in prognostic subsets of chronic lymphocytic leukemia. دم 2010 115: 296–305.

Herman SE, Gordon AL, Hertlein E, Ramanunni A, Zhang X, Jaglowski S وآخرون. Bruton tyrosine kinase represents a promising therapeutic target for treatment of chronic lymphocytic leukemia and is effectively targeted by PCI-32765. دم 2011 117: 6287–6296.

Hoellenriegel J, Meadows SA, Sivina M, Wierda WG, Kantarjian H, Keating MJ وآخرون. The phosphoinositide 3′-kinase delta inhibitor, CAL-101, inhibits B-cell receptor signaling and chemokine networks in chronic lymphocytic leukemia. دم 2011 118: 3603–3612.

Ponader S, Chen SS, Buggy JJ, Balakrishnan K, Gandhi V, Wierda WG وآخرون. The Bruton tyrosine kinase inhibitor PCI-32765 thwarts chronic lymphocytic leukemia cell survival and tissue homing in vitro and in vivo. دم 2012 119: 1182–1189.


What is the meaning and significance of extreme pathways - Biology

8 ساعات بسبب الصيانة في مركز البيانات الخاص بنا. يمكن أن يكون هذا الفاصل الزمني أقصر اعتمادًا على تقدم العمل. نحن نعتذر عن أي شيء غير مناسب. *** --> *** سيتم إيقاف DAVID من الساعة 5 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة يوم الجمعة 6/24/2011 إلى الساعة 3 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة يوم الأحد 6/26/2011 بسبب الصيانة في مركز البيانات الخاص بنا. يمكن أن يكون هذا الفاصل الزمني أقصر اعتمادًا على تقدم العمل. نحن نعتذر عن أي شيء غير مناسب. *** --> *** نقبل حاليًا مستخدمي الإصدار التجريبي لخدمة الويب DAVID الجديدة التي تتيح الوصول إلى DAVID من لغات برمجة مختلفة. يرجى الاتصال بنا للحصول على الوصول. *** --> *** تم تغيير تعيين رمز الجينات لتحميل القائمة وتحويلها. يرجى الاطلاع على إعلان منتدى DAVID للحصول على التفاصيل. --> *** الإعلان عن خدمة ويب DAVID الجديدة التي تتيح الوصول إلى DAVID من لغات برمجة مختلفة. More info. *** --> *** سيتم إيقاف DAVID 6.8 للصيانة يوم الخميس الموافق 23/2/2016 من الساعة 9 صباحًا حتى 1 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة *** -->
*** مرحبًا بك في DAVID 6.8 ***
*** إذا كنت تبحث عن DAVID 6.7 ، فيرجى زيارة موقع التطوير الخاص بنا. ***
-->
*** مرحبًا بك في DAVID 6.8 مع قاعدة المعرفة المحدثة (مزيد من المعلومات). ***
*** إذا كنت تبحث عن DAVID 6.7 ، فيرجى زيارة موقع التطوير الخاص بنا. ***
-->
*** مرحبًا بك في DAVID 6.8 مع قاعدة المعرفة المحدثة (مزيد من المعلومات). ***
*** خادم DAVID 6.7 معطل حاليًا للصيانة. ***
--> *** يرجى القراءة: نظرًا لصيانة مركز البيانات ، سيكون DAVID غير متصل من الجمعة 17 يونيو @ 4 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة حتى يوم الأحد ، 19 يونيو مع إمكانية إعادة الاتصال بالإنترنت في وقت أقرب. *** -->


المواد والأساليب

DNA microarray data

The nine data sets used to compare the gene-set activation metrics were selected from eight studies in the GEO database. Each data set contained two relatively homogeneous subsets of samples. One study (GDS1329) provided two data sets. These subsets consisted of a baseline type and pathological samples or, in some cases, two different but related disease types. (Samples not in either subset were omitted from the comparisons.) We treated these single-channel data sets as ratio data sets by computing the median for each gene over all the baseline samples and dividing all expression values by the corresponding median and taking the base-10 logarithm. For each data set, Table 1 contains the GEO identifier and nature and sizes (in parentheses) of the two sample subgroups. In each data set the samples in Subgroup 1 constitute the baseline set.

To create the human body atlas, oligonucleotide probes were placed at each exon-exon junction of 11,138 RefSeq transcripts [35]. Purchased mRNA from 44 tissues in normal physiological state, pooled from multiple individuals, and 8 cell lines were amplified and labeled using a full-length amplification protocol and hybridized in duplicate in a two-color dye swap experiment[54]. In Johnson وآخرون. [35], six of 52 tissues contained data for only 80% of the genes. For five of these tissues (pancreas, kidney, Burkitt's lymphoma (Raji), lung carcinoma (A549), and melanoma (G361)), new hybridizations were performed here to fill in the missing data. After background normalization, the intensity value of each probe in each tissue was divided by the average intensity across all 52 tissues to determine a ratio, and then the log10 of that ratio used for further analysis. Standard deviations (SDs) for each intensity measurement were calculated using the equation:

SD = a + b ∗ i n t e n s i t y [email protected]@[email protected]@+=feaafiart1ev1aaatCvAUfeBSjuyZL2yd9gzLbvyNv2Caerbhv2BYDwAHbqedmvETj2BSbqee0evGueE0jxyaibaiKI8=vI8tuQ8FMI8Gi=hEeeu0xXdbba9frFj0=OqFfea0dXdd9vqai=hGuQ8kuc9pgc9s8qqaq=dirpe0xb9q8qiLsFr0=vr0=vr0dc8meaabaqaciGacaGaaeqabaqadeqadaaakeaacaqGtbGaaeiraiabg2da9maakaaabaGaamyyaiabgUcaRiaadkgacqGHxiIkieGacaWFPbG[email protected][email protected]

أين أ = 100 و ب = 0.2 were empirically derived from individual same-versus-same and same-versus-different hybridization experiments and represent single-hybridization, single-probe estimates of background (أ) and fractional error (ب). As we used multiple probes per gene and two hybridizations per sample pair (a dye-swap), final error estimates for gene expression are a combination of both propagation of this model measurement error and variance over the repeat measurements. These error estimates were then propagated to ratio and log10 ratio error estimates (Supplemental Tables T10 and T11 in Additional data file 2). Since the initial array design, NCBI has removed over 300 of the RefSeq transcripts from their databases. After removing these transcripts and any other transcripts currently unmapped to Entrez gene identifiers from our data set, the remaining 10,815 RefSeq transcripts map to 9,982 genes. Finally, using all gene-associated probes, we calculated an error-weighted average of log10 ratios for each gene in each tissue. Probe-level expression data have been deposited in the GEO database [35] (GSE740), and all gene and pathway expression data are available online [21].

Gene sets and coherence filtering

We compiled 1,281 gene sets from the 1 November 2004 Release of GO (241 from cellular component and 1,040 from biological process), and 117 gene sets from KEGG Release 33, downloaded 11 January 2005. The mean number of genes in each set was 23.8 ± 28.5 (mean ± SD minimum 1, maximum 159). To build the human pathway expression map we reduced these to 290 gene sets (23 from KEGG, 89 from the GO Cellular Component hierarchy, and 178 from the GO Biological Process hierarchy) by applying two filters. First, we required that each gene set retained contain at least five genes and no more than 200 genes. Second, we filtered gene sets based on their coherence, the percentage of total variance of the expression values within a gene set captured by the first principal component across all tissues. This idea has been discussed previously [20], although we used a different test for coherence here. To determine the appropriate cutoff for a gene set of size |س|, we generated 1,000 random gene sets of size |س|, and calculated the distribution of coherence values. The random-set coherence distribution was approximately normal, although its mean and standard deviation were size-dependent. Of the initial 1,401 gene sets, 290 had a coherence over the human body atlas data set that was more than 2.6 standard deviations greater than the mean of the random-set distribution for that size (corresponding to a one-sided p value of 0.005), and these 290 sets were retained for further analysis. The mean number of genes in these 290 coherent gene sets was 33.8 ± 32.9 (mean ± SD minimum 5, maximum 159).

Some of the 290 gene sets overlap in component genes, and some gene sets are subsets of others. This is due to the hierarchical nature of GO and functional overlap with gene sets in KEGG. Rather than merge these sets we kept them all in order to maximize the functional annotation conveyed by the gene set names. To measure the overlap between two gene sets we used the average of the two ratios of the number of genes in the intersection of the two gene sets to the total number of genes in each gene set. The overlap is most significant between gene sets in the same block ranging from a low of 7% in the Cell-selective block to a high of 85% in the Hemoglobin block with a mean within-block overlap over all 14 blocks of 31%.

Measuring gene set expression

We compared five gene-set activation metrics. Given a gene ز، يترك X tgbe the expression value (log10 fold change, relative to background) for gene ز في الأنسجة ر. يترك س be the set of genes in a pathway. For tissue ر, if <X tS> and <X ر> are the mean of X tgover the genes in س and all the genes on the microarray, respectively, and σ رis the standard deviation of X tgover all the genes on the microarray, then the Z-score activation metric used to measure the relative expression level of pathway س في الأنسجة ر يكون:

Z t S = < X t S > − < X t > σ t | S | [email protected]@[email protected]@+=feaafiart1ev1aaatCvAUfeBSjuyZL2yd9gzLbvyNv2Caerbhv2BYDwAHbqedmvETj2BSbqee0evGueE0jxyaibaiKI8=vI8tuQ8FMI8Gi=hEeeu0xXdbba9frFj0=OqFfea0dXdd9vqai=hGuQ8kuc9pgc9s8qqaq=dirpe0xb9q8qiLsFr0=vr0=vr0dc8meaabaqaciGacaGaaeqabaqadeqadaaakeaacaWGAbWaaSbaaSqaaiaadshacaWGtbaabeaakiabg2da9maalaaabaGaeyipaWJaamiwamaaBaaaleaacaWG0bGaam4uaaqabaGccqGH+aGpcqGHsislcqGH8aapcaWGybWaaSbaaSqaaiaadshaaeqaaOGaeyOpa4dabaGaeq4Wdm3aaSbaaSqaaiaad[email protected][email protected]

where |س| is the number of genes in س. قيمة ال ض is expressed in units of standard deviation and is a measure of violation of the null hypothesis that the genes in س are independently sampled from a distribution similar to that of all the genes on the microarray. If the null hypothesis is valid, then ض will have approximately a standard normal distribution, and so a large positive value of ض رsuggests collective upregulation of the genes in س (which we consider to represent 'activation' of س) in tissue ر a large negative value suggests collective downregulation. The normalization by | S | [email protected]@[email protected]@+=feaafiart1ev1aaatCvAUfeBSjuyZL2yd9gzLbvyNv2Caerbhv2BYDwAHbqedmvETj2BSbqee0evGueE0jxyaibaiKI8=vI8tuQ8FMI8Gi=hEeeu0xXdbba9frFj0=OqFfea0dXdd9vqai=hGuQ8kuc9pgc9s8qqaq=dirpe0xb9q8qiLsFr0=vr0=vr0dc8meaabaqaciGacaGaaeqabaqa[email protected][email protected] makes comparison of different-sized gene sets possible and reflects the fact that, for larger gene sets, even a slight collective shift in fold change can be significant.

بسبب ال ض-statistic essentially measures a shift in location (mean expression) for the genes in س, we compared its sensitivity to several other possible signed measures of location shift, which were created by modifying, where necessary, standard statistics with a sign to indicate the direction of expression change. The Wilcoxon ض statistic is a well-known statistic that is calculated according to a similar formula, but using the ranks of the X tgamong all genes in tissue ر, rather than the actual fold changes. To calculate a signed KS statistic, we computed each of the two one-sided KS statistics, comparing the distribution of the expression values in س with the distribution of the genes on the microarray as a whole, and took the larger of the two statistics, with the appropriate sign. To calculate a hypergeometric ص value, we used a threshold of two-fold differential expression (other threshold values showed qualitatively similar results, data not shown) to define an induced or repressed gene, and then calculated the probability that the relative enrichment of differentially expressed genes observed in a gene set in a particular tissue could have been observed by chance, using the hypergeometric distribution. To provide a sign for the hypergeometric ص value, the calculation was done separately for the induced and repressed genes in each set, and the smaller of the two ص value was used, as well as its 'sign' (negative if repressed genes were more enriched in the gene set than induced genes, positive otherwise). The relative insensitivity of the HG metric was little changed by varying the differential expression threshold. Finally, for the PCA statistic, we calculated PC1, the first principal component of the expression values of the genes in س across all tissues, and used the projection (scalar product) of the expression values in a tissue with PC1 as a measure of activation of the gene set in that tissue.

ROC comparison of activation metrics

We compared the five activation metrics for measuring gene set expression, and the individual genes in the expression data set, for their detection sensitivity. We applied each metric to measure the activation of the gene sets that met a coherence threshold (ص ≤ 0.01, 0.05, 0.10, and 1.0) in each of the nine GEO data sets. For each data set we compared two classes that were known to be different (typically one class was normal and the other pathological). Each gene set was measured in each sample in each of the two classes by each metric. We used a two-sided Wilcoxon rank sum test for equal medians to test the null hypothesis that the activation metric values for each gene set in the two classes come from distributions with equal medians. The result of this test is quantified by the returned ص القيمة. أصغر ص value, the more unlikely is the null hypothesis that the gene set median values are equal. We performed this test between the two classes for all gene sets. In a similar manner, we used the same test to compare individual gene expression values between the two classes. استخدمنا ملف ص value from the two-sided Wilcoxon rank sum statistic to compute a false detection rate for each p value threshold using the adaptive method of Benjamini and Hochberg [55] and displayed the results using ROC curves [56]. The x-axis is the proportion of false positives the percent of gene sets that did not distinguish the two classes at the specified p value threshold. The y-axis is the true positive rate the percent of gene sets that did distinguish the two classes at the specified threshold. The interval of [0, 0.3] was chosen to correspond to what might be an acceptable FDR. The percent of true positives varies between data sets and is presumably indicative of the type(s) of biological differences between the two classes in each data set.


شاهد الفيديو: الهمزة المتطرفة شرح بالتفصيل (كانون الثاني 2022).