معلومة

هل يمكنني استخدام تسلسلات RBS متعددة ثنائية الاتجاه في دائرة بيولوجية اصطناعية؟

هل يمكنني استخدام تسلسلات RBS متعددة ثنائية الاتجاه في دائرة بيولوجية اصطناعية؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

تم تطوير متواليات bicistroninc RBS (BCDs) بواسطة Mutalik et al. [1] تهدف إلى إزالة حساسية السياق من الترجمة وبالتالي ضمان المزيد من التعبير الجيني الذي يمكن التنبؤ به. ومع ذلك ، فقد قيل لي أن وجود وحدات نسخ متعددة ، كل منها يستخدم BCDs ، يمكن أن يجعل الخلايا مريضة. التفسير الذي قُدم لي هو أن السمية ناتجة عن الببتيدات الصغيرة التي يتم إنتاجها من النسخ من تسلسل RBS الأول.

هل أظهر أي شخص سمية من BCDs متعددة أم أنها ملفقة؟ إذا تم إثبات ذلك ، فهل آلية السمية معروفة وهل هناك طريقة لاستخدام أجهزة BCD متعددة مع الحفاظ على الخلايا السليمة؟

[1] في. ك. موتاليك وآخرون ، "التعبير الجيني الدقيق والموثوق من خلال عناصر النسخ القياسية وبدء الترجمة ،" نات. الطرق ، المجلد. 10 ، لا. 4، pp.354-360، April 2013.


هذا سؤال رائع ولديه الكثير من الفرص لاستكشافه. لست متأكدًا من أن أي شخص قد تابع عمل BCD الأصلي هذا بشكل منهجي. لقد حاولنا استنساخ هذه العناصر على نسخة متوسطة من البلازميدات ، في تصميم أوبرا ، يقود جينات متعددة ، والآن أفكر في الأمر ، لم يكن ذلك شيئًا ذكيًا للقيام به. كان الاستنساخ صعبًا للغاية ، ربما بسبب السمية التي ذكرتها. لم يكن لديك وقت للتحقيق في هذا بعمق (أنه مشروع رائع) ، لكنني أعتقد أن السمية ناتجة عن الكثير من الموارد (الريبوسومات؟) التي تمت معايرتها في هذه الوحدات. لكن هذا تفسير متموج باليد. تحتاج إلى دراسة آلية للتحقيق. أعتقد أن مجموعة توم إليس وآخرون قاموا ببعض الأعمال الجميلة حول السمية المرتبطة بتعبير البروتين. أنا شخصياً أعتقد أن السمية لا تتعلق بالببتيد الخامل (الجين الأول في مشغل BCD) الذي يتم إنتاجه. قصة أخرى حاولناها هي استبدال هذا الجين الأول بشيء وظيفي ولكن لم يتم نشره.

بالعودة إلى استخدام BCDs لقيادة جينات متعددة ، أود أن أقول إذا قمت باستنساخها مباشرة على الجينومات يجب أن تعمل مثل السحر. لقد جربنا هذا وعملنا بشكل جيد. لم يتم نشر الكثير (يا إلهي ، هذا الكثير من العمل غير المنشور!) تحتوي العوامل البكتيرية على هذه التقاطعات والعناصر ذات القوة المختلفة. يسعدني مناقشة المزيد إذا كان لديك سؤال متابعة !!

شكرا لاهتمامك بهذا العمل. فخور حقًا بعملنا على هذا النظام. سعيد بالطبع لأننا قمنا بهذا العمل حيث كان هناك الكثير من الجهود المبكرة على عناصر نوع BCD. وأحب هذه المناقشة المفتوحة SE منصة! لا أعرف كيف نجا synbio دون هذا النظام لتبادل المعرفة والخبرات. أطيب الأماني

فيفيك موتاليك


في التوثيق لطريقة الاستنساخ الحديثة هذه من مجموعة Richard Murray في Caltech (https: //doi.org/10.1021/acssynbio.8b00060) تتضمن مكتبة أجزاء بها العديد من BCDs. لم أختبر هذا بنفسي بشكل مباشر ، لكن التحذير الذي لاحظوه بخصوص BCDs المتعددة ليس أنها سامة ، ولكن لأن لديهم مناطق متماثلة طويلة تكون عرضة لإعادة التركيب. هذا منطقي لأن منطقة الببتيد الوهمية أعتقد أنها حوالي 50 نقطة أساس ومشتركة عبر جميع BCDs. يمكنك تخيل عمل متغيرات في هذه المنطقة لمكافحة مشكلات إعادة التركيب ، ولكن من يدري ما إذا كان ذلك سيؤثر على متانة تعبير BCD.


القيمة المتوقعة للتشغيل الثاني في سلسلة من رميات العملة

دع $ (X_n) _<>> $ تكون متغيرات عشوائية مستقلة تساوي $ 1 $ مع احتمال $ p $ و $ مع احتمال $ q = 1-p $. المدى هو تسلسل $ (X_، cdots، X_) $ حيث $ k، l in mathbb$ مثل هذا $ X_ = cdots = X_ neq X_$. دع $ L_يكون $ بطول $ j ^تشغيل $ ($ l + 1 $ هنا).

حساب القيمة المتوقعة $ L_ <2j> $ ، لـ $ j in mathbb^ <*> $ ، سيحقق دائمًا $ 2 $ ، بينما القيمة المتوقعة $ L_ <2j + 1> $ هي $ frac

+ فارك

$. هل هناك تفسير بديهي لماذا حتى عمليات التشغيل لديها توقع مستقل عن p؟ إنها نتيجة أجدها مفاجأة للغاية.

الخطوط العريضة لإثبات البيان الخاص بي لـ $ L_ <1> $ و $ L_ <2> $:

2) $ P ((S_1، S_2) = (k، l)) = P (X_ <1> = cdots = X_k = 0، X_= النقاط = X_= 1 ، X_= 0) + P (X_1 = cdots = X_k = 1 ، X_= النقاط = X_= 0 ، X_= 1) $ So $ P ((S_1، S_2) = (k، l)) = p ^ lq ^ + ف ^ص ^ينتج عن $ والتجميع $ P (S_2 = k) = p ^ف ^ 2 + ف ^p ^ 2 $ و $ E (S_2) = 2 $.


هل يمكنني استخدام تسلسلات RBS متعددة ثنائية الاتجاه في دائرة بيولوجية اصطناعية؟ - مادة الاحياء

تطوير أزواج النواة الاصطناعية بالكامل التي تتفاعل بأمانة في الخلايا الحية ، وتطبيقاتها في إنشاء كائنات شبه اصطناعية ذات قدرة موسعة ومتعامدة على حمل المعلومات.

تسخير أنظمة تكرار الحمض النووي التي تحدث بشكل طبيعي والمتعامدة بشكل متبادل لتمكين تكرار الجينات المستهدفة. تتيح الاختلافات المعرضة للخطأ بشكل كبير في هذه الأنظمة تطورًا قويًا موجهًا للجزيئات الحيوية.

الهندسة والتطور الموجه لعوامل النسخ المتعامدة المتبادلة التي تعمل بنطاق ديناميكي عالٍ وخلفية منخفضة وتستجيب لمجموعة واسعة من المحفزات في الجسم الحي.

التطورات الأخيرة في في الجسم الحي ترجمة البروتين المتعامد بما في ذلك: أزواج RBS المتعامدة - المتعامدة المضادة لـ RBS ، ووحدات الرنا الريباسي المرتبطة تساهميًا لاكتشاف القدرات الأنزيمية الجديدة ، وتحسين دمج الأحماض الأمينية غير المتعارف عليها وفك الشفرات الرباعية.

تسعى البيولوجيا التركيبية جاهدة إلى التحكم بشكل موثوق في السلوك الخلوي ، عادةً في شكل تفاعلات مصممة بواسطة المستخدم للمكونات البيولوجية لإنتاج مخرجات محددة مسبقًا. غالبًا ما يتم اشتقاق مكونات الدوائر المهندسة من مصادر طبيعية ، وبالتالي غالبًا ما يتم إعاقتها من خلال التفاعلات غير المقصودة مع الآلات المضيفة ، وعلى الأخص داخل العقيدة المركزية المضيفة. تتطلب الدوائر الجينية الموثوقة والتي يمكن التنبؤ بها التقليل المستهدف أو القضاء على هذه التفاعلات غير المرغوب فيها للتخفيف من الآثار السلبية على لياقة المضيف وتطوير الأنشطة الحيوية المستقلة عن السياق. هنا ، نستعرض التطورات الحديثة في التعامد البيولوجي ، أي عزل الأنشطة الحيوية التي يمليها الباحث من عمليات المضيف ، مع التركيز على التطورات المنهجية التي قد تتوج في إنشاء عقيدة مركزية متعامدة ووظائف خلوية جديدة.


التطورات في تصميم الدوائر الوراثية: كيمياء حيوية جديدة ، وتعدين الأجزاء العميقة ، والتعبير الجيني الدقيق

نستعرض التطورات الحديثة في التصميم المتقدم للدوائر الجينية.

تمهد مفاهيم تصميم الدوائر المتقدمة الطريق لتنظيم خلوي اصطناعي أكثر تعقيدًا.

أنتج التعدين الجزئي والتصميم الحسابي مجموعة أجزاء تنظيمية كبيرة.

تتيح "مقابض الضبط" والعوازل التحكم الدقيق في وظيفة الدائرة.

إن هندسة الدوائر الوراثية في نقطة انعطاف من حيث الحجم والتطور.

تستخدم الخلايا شبكات تنظيمية لإجراء عمليات حسابية للاستجابة لبيئتها. قد يكون التلاعب الموثوق به في مثل هذه الشبكات مفيدًا للعديد من التطبيقات في مجال التكنولوجيا الحيوية ، على سبيل المثال ، في تشغيل الجينات فقط في ظل مجموعة محددة من الظروف أو تنفيذ التحكم الديناميكي أو الزمني للتعبير. ومع ذلك ، لا يزال بناء مثل هذه الدوائر التنظيمية التركيبية أحد أصعب التحديات في الهندسة الوراثية ، ونتيجة لذلك لم يتم العثور على تطبيقات على نطاق واسع. هنا ، نستعرض التطورات الحديثة التي تعالج التحديات الرئيسية في التصميم المتقدم للدوائر الجينية. أولاً ، ننظر إلى مفاهيم التصميم الجديدة ، بما في ذلك بناء الدوائر الرقمية والتناظرية ذات الطبقات ، والأساليب الجديدة للتحكم في وظائف استجابة الدائرة. ثانيًا ، نقوم بمراجعة العمل الأخير لتطبيق التعدين الجزئي والتصميم الحسابي لتوسيع عدد المنظمين الذين يمكن استخدامهم معًا في خلية واحدة. أخيرًا ، نصف طرقًا جديدة للحصول على تعبير جيني دقيق وتقليل الاعتماد على السياق الذي من شأنه تسريع تصميم الدائرة من خلال موازنة المنظمين بشكل أكثر موثوقية مع تقليل السمية.


استخدام هوية أويلر الكلية لاستنتاج المساواة

ومع ذلك ، فإن السؤال يطلب منك ذلك فقط استخدم eqref. لا تحتاج إلى استخدام ، ولا يجب أن تستخدم ، eqref. بدلاً من ذلك ، افترض أن $ n $ هو أي عدد صحيح موجب وقم بتعيين $ m = n ^$ لأي عدد صحيح $ k ge 1 $ في eqref للحصول على

هناك حالات أساسية بقيمة 2 دولار للنظر فيها. أولاً ، إذا كان $ k = 1 $ ، فعندئذٍ $ n ^ = 1 $ لذا $ gcd left (n ^، n right) = 1 $ و eqref يصبح

لاحظ أن هذا يطابق eqref مقابل $ k = 1 $. بعد ذلك ، ضع في اعتبارك $ k gt 1 $. ثم $ gcd left (n ^، n right) = n $ و eqref يصبح

يمكنك أن ترى ذلك باستخدام $ k = 2 $ ، eqref يصبح $ phi left (n ^ 2 right) = n phi (n) $ ، والذي يطابق eqref. بعد ذلك ، باستخدام العلاقة السابقة ، زائد $ k = 3 $ في eqref، تحصل على $ phi left (n ^ 3 right) = n phi left (n ^ 2 right) = n left (n phi (n) right) = n ^ 2 phi (n ) $ ، والذي يتطابق أيضًا مع eqref. استخدام هذا الإجراء مع الاستقراء الرياضي على $ k $ في eqref، يمكنك بسهولة إثبات eqref هذا صحيح لجميع الأعداد الصحيحة الموجبة $ k $ و $ n $. سأترك هذا الجزء الأخير لك لتفعله.


خيارات الوصول

احصل على حق الوصول الكامل إلى دفتر اليومية لمدة عام واحد

جميع الأسعار أسعار صافي.
سيتم إضافة ضريبة القيمة المضافة في وقت لاحق عند الخروج.
سيتم الانتهاء من حساب الضريبة أثناء الخروج.

احصل على وصول محدود أو كامل للمقالات على ReadCube.

جميع الأسعار أسعار صافي.


علم الأحياء التركيبي هو تخصص هندسي يبني على فهمنا الآلي للبيولوجيا الجزيئية لبرمجة الميكروبات للقيام بوظائف جديدة. يتطلب مثل هذا التلاعب المتوقع للخلية أساليب نمذجة وتجريبية للعمل معًا. يسمح عنصر النمذجة للبيولوجيا التركيبية بتصميم دوائر بيولوجية وتحليل سلوكها المتوقع. يدمج المكون التجريبي النماذج مع الأنظمة الحقيقية من خلال توفير البيانات الكمية ومجموعات "الأجزاء" البيولوجية المتاحة التي يمكن استخدامها لبناء الدوائر. تم إحراز تقدم كاف في الاستخدام المشترك للنمذجة والأساليب التجريبية ، مما يعزز فكرة القدرة على استخدام الميكروبات الهندسية كمنصة تكنولوجية.

Paolo Vicini - البحث والتطوير العالمي لشركة Pfizer ، قسم الحرائك الدوائية والديناميات والتمثيل الغذائي ، سان دييغو ، كاليفورنيا ، الولايات المتحدة الأمريكية


علم الأحياء التركيبي هو نظام يحركه التصميم ويركز على هندسة وظائف بيولوجية جديدة من خلال اكتشاف وتوصيف وإعادة توظيف الأجزاء الجزيئية. العديد من الحلول البيولوجية الاصطناعية للمشاكل الطبية الحيوية الحرجة على وشك التبني على نطاق واسع وإثبات النضج المزدهر لهذا المجال. هنا ، نسلط الضوء على تطبيقات البيولوجيا التركيبية في تطوير اللقاح والتشخيص الجزيئي والعلاجات القائمة على الخلايا ، مع التركيز على التقنيات المعتمدة للاستخدام السريري أو في التجارب السريرية النشطة. نختتم بلفت الانتباه إلى الابتكارات الحديثة في البيولوجيا التركيبية التي من المحتمل أن يكون لها تأثير كبير على التطبيقات المستقبلية في الطب الحيوي.

ساهم هؤلاء المؤلفون بالتساوي


خلفية

تُعرَّف البيولوجيا التركيبية بأنها هندسة علم الأحياء: التصميم (إعادة) المتعمد والبناء لأجزاء وأجهزة وأنظمة بيولوجية وبيولوجية جديدة لأداء وظائف جديدة لأغراض مفيدة [1]. باعتباره تخصصًا هندسيًا ، فإنه يركز على المبادئ والمنهجيات الهندسية في تصميم وبناء وتوصيف النظم البيولوجية ليتم تطبيقها في التطبيقات الصناعية والبيئية وغيرها. في الوقت الحالي ، لا يزال هناك تباين بين القدرة على تصميم الأنظمة والقدرة على توليفها. يمكن أن يُعزى هذا التفاوت جزئيًا إلى عدم وجود أجزاء جيدة التوصيف وطرق لتكوين الأجزاء بشكل موثوق وقوي في الأجهزة [2].

منذ بداية علم الأحياء التركيبي ، بذلت الجهود من أجل تحديد خصائص الأجزاء البيولوجية القياسية - على سبيل المثال. ترميز تسلسلات الحمض النووي وظيفة يمكن تجميعها مع أجزاء قياسية أخرى لتشكيل الأجهزة [3]. ومع ذلك ، فإن خارطة الطريق لهندسة النظم البيولوجية لا تحددها الأجزاء البيولوجية بل طريقة تفاعلها [4]. وبالتالي ، فإن كلا من التوصيف الدقيق وتركيب الأجزاء الذي يمكن التنبؤ به ضروريان للإنشاء الفعال للدوائر الجينية المعقدة [5 ، 6]. في هذا السياق ، يعد تطوير أطر للتكوين الوظيفي تحديًا حاليًا ، حيث سيسمح حله للمكونات البيولوجية بأن يتم تجميعها بشكل منهجي وموثوق ويمكن التنبؤ به في جهاز أو نظام وظيفي [2].

يعتمد التصميم المنهجي للدوائر الحيوية المعقدة من مكتبات الأجزاء القياسية على نماذج رياضية تصف ديناميكيات الدائرة. في هذا الصدد ، تسهل أدوات النمذجة المعيارية التمثيل الرياضي للأجزاء البيولوجية ومجموعاتها ، وتوفر وصفًا للتفاعلات التي تحدث داخل الأجزاء المختلفة والواجهات التي تربطها [7 ، 8]. يمكن استخدام الأساليب والأدوات بمساعدة الكمبيوتر (القائمة على النموذج) لتوجيه تصميم المسارات الكيميائية الحيوية الاصطناعية [9-11].

تنشأ العديد من المشاكل عند بناء الأجهزة البيولوجية عن طريق الجمع بين الأجزاء. أولاً ، قد يكون تكوين أجزاء وأجهزة بيولوجية مختلفة معًا أمرًا صعبًا ، حتى لو افترضنا أن بنية الدائرة الاصطناعية قد تم تصميمها بشكل صحيح بحيث يكون لها سلوك ديناميكي محدد مسبقًا ، لأن مستويات الإدخال والإخراج المطلوبة للوحدة النمطية غالبًا ما تكون غير معروفة ، ويصعب قياسها من الناحية الكمية ، أو يصعب مقارنتها. بالإضافة إلى ذلك ، قد يتم تغيير أداء جزء النسبة / الجهاز بسبب تفاعل الأحمال في النظام المدمج ، ما يسمى بأثر رجعي [12]. إلى جانب ذلك ، هناك تقدير متزايد باستمرار للتعقيد البيولوجي ، والذي يتطلب وضع نماذج جديدة للدائرة ومبادئ تصميم للتغلب على الحواجز مثل الحمل الأيضي ، والتحدث المتبادل ، ومشاركة الموارد ، وضوضاء التعبير الجيني [5 ، 13-15]. أخيرًا ، يجب ألا ينسى المرء أبدًا الفجوة بين الحسابية (مختبر جاف) تصميم و مختبر الرطب تطبيق. في الممارسة العملية ، الأجزاء البيولوجية عرضة لعدم اليقين. يجب أن يتعامل تصميم هيكل الدائرة وطرق ضبط المعلمات مع عدم اليقين هذا في الأجزاء البيولوجية والسياق لتضييق الفجوة.

تحقيقا لهذه الغاية ، يمكن صياغة التصميم المعياري والمنهجي للدوائر الحيوية ، أي الطريقة المنهجية لإيجاد مجموعات من المكونات من مكتبة من الأجزاء القياسية تسمح بأداء وظيفة محددة مسبقًا على النحو الأمثل ، باستخدام إطار عمل التحسين [16-18]. في الواقع ، لقد قيل أن البيولوجيا التركيبية ليست مثل الهندسة الكهربائية وعلوم الكمبيوتر ذات الوحدات النمطية (أو `` الشبيهة بالتبديل '') ، وتشبه الهندسة المدنية والميكانيكية في استخدامها للنماذج التي تعمل على تحسين الضغوط على مستوى النظام بالكامل وتدفق حركة المرور. [5].

تم اقتراح طرق قائمة على التحسين المتقدمة ، قادرة على التعامل مع مستويات عالية من التعقيد ومعايير تصميم متعددة للتصميم الهيكلي المعياري والمنهجي للدوائر الحيوية [19]. تجمع هذه الأساليب الجديدة بين كفاءة حلول البرمجة غير الخطية المختلطة العالمية مع تقنيات التحسين متعددة الأهداف [20 ، 21].

من ناحية أخرى ، يتكون النهج الطبيعي للضبط المستند إلى النموذج للدوائر الاصطناعية من تحليل تأثير المعلمات الرئيسية التي يمكن استخدامها كمقابض ضبط في التنفيذ التجريبي. في هذا النهج ، يُفهم اختيار الأجزاء البيولوجية على أنه اختيار نطاق قيم المعلمات الرئيسية للجهاز التي تنتج السلوك الديناميكي المطلوب. يتمثل التحدي الحالي في ابتكار طرق لتوفير مجموعة من معلمات الدائرة التي ترضي سلوك دائرة محدد بطريقة يمكن استخدامها بسهولة لتنفيذ المختبر الرطب [22]. وهكذا ، على سبيل المثال ، في [23] ، قام المؤلفون بتجميع مكتبات المروج التنظيمي ، وتوصيف المعلمات الرئيسية ، واستخدامها لتوجيه بناء الشبكات التركيبية ذات الخصائص المختلفة للمدخلات والمخرجات المتوقعة. يستخدم تحليل الحساسية العالمية في [16]. تُستخدم معلومات الحساسية لتوجيه اختيار مكونات الدائرة وبالتالي تقليل جهد تنفيذ المعمل الرطب. في [24] يعبر المؤلفون عن السلوك المطلوب كمؤشر تكلفة وظيفية لمسارات الدائرة المرغوبة. بعد ذلك ، يتم الحصول على الحساسية العكسية للتعيين بين المعلمات ومؤشر التكلفة بعد الخطي لمؤشر التكلفة الوظيفية حول القيمة الأولية لمعلمات النموذج. يتم استخدام هذا التعيين العكسي المحلي لتعيين منطقة المواصفات في واحدة من المعلمات.

على الرغم من أن مواصفات الديناميكية المرغوبة للدائرة يتم التعبير عنها في الغالب بشكل طبيعي كمشكلة تحسين عالمية متعددة الأهداف ، إلا أن هذا النهج لم يتم استخدامه حتى الآن. بدلاً من ذلك ، تحدد الأساليب الحالية عتبات مستقلة تحدد مسبقًا لكل هدف من الأهداف الوظيفية التي تميز السلوك المطلوب للدائرة. بعد ذلك ، يتم استخدام مناهج شبيهة بمونت كارلو العالمية ، وأخذ عينات من مساحة المعلمات ومحاكاة استجابة وقت الدائرة. يتم استخدام نتيجة هذه المحاكاة لتقييم سلوك الدائرة ، وذلك لتوصيف المجموعة الفرعية لمساحة المعلمات التي ينتج عنها سلوك الدائرة الذي يحقق جميع العتبات. بعد ذلك ، يتم استخدام بعض المعالجات الإحصائية اللاحقة للنتائج ، مثل تحليل التجميع أو الارتباط أو تحليل الحساسية الشاملة ، لاستخلاص النتائج بين توزيع المعلمات وسلوك الدائرة [25]. هذا النهج القائم على مونت كارلو له تكلفة حسابية ضخمة. نظرًا لمساحة البحث المحددة في مساحة المعلمات ، لا يضمن أخذ عينات مونت كارلو العثور على حل ، مما يتطلب عددًا كبيرًا من العينات لإيجاد الحلول. تزداد هذه المشكلة لأن العتبات التي تحدد سلوك الدائرة المقبولة تكون أكثر صرامة. من ناحية أخرى ، تزن مساحة الحل التي تم الحصول عليها ، بشكل متساوٍ أو مخصص ، جميع الأهداف الوظيفية للدائرة. وبالتالي ، إلى جانب عدم وجود العديد من الحلول المثلى الممكنة ، قد يكون هناك القليل من التباين بين الحلول المختلفة في مساحة المعلمات ، مما يجعل المعالجة الإحصائية اللاحقة أقل حساسية.

تم استخدام دارات التغذية الأمامية في هذا السياق كدراسة حالة مهمة. في [26] تم تحليل جميع بنى الشبكات الممكنة ذات العقد الثلاثة التي تقدم سلوكًا ديناميكيًا تكيفيًا باستخدام خرائط طوبولوجيا الوظيفة استنادًا إلى أخذ عينات مونت كارلو في مساحة المعلمات. باستخدام نموذج إنزيمي بسيط ، رسم المؤلفون مبادئ تصميم دوائر التكيف. لقد أظهروا أن هناك حلين أساسيين فقط يحققان تكيفًا قويًا: حلقات التغذية الراجعة السلبية وحلقات التغذية الأمامية غير المتماسكة. في [27] ، يتم استخدام بنية شبكة الإنزيم التكيفية غير المتماسكة للتغذية الأمامية المشتقة في [26] ، كدراسة حالة. تم اقتراح طريقة لعمل استنتاجات حول مساهمة المعلمات الفردية في مكونات محددة من النظام. يتم الحصول على فئات من المعلمات الحركية التي قد تتوافق مع قوى متفاوتة للتفاعلات الأنزيمية التي يمكن قياسها وتصنيفها تجريبياً. يوضح المؤلفون أنه ، بالنسبة لهيكل شبكة معين ، توجد أيضًا أنواع معينة من القيم أو الزخارف للمعلمات الحركية من أجل تحقيق ديناميكيات نظام محددة. يتم استخدام التجميع في مساحة المعلمات لاكتشاف الأشكال الحركية ، أي مجموعات من المعلمات التي تنتج ديناميكيات الدائرة المرغوبة ، في [25].

في هذه الورقة ، لبناء جهاز وظيفي معين بسلوك ديناميكي مرغوب ، ندرس تطبيق إطار تصميم أمثل متعدد الأهداف (MOOD) [28] للحصول على مجموعة من الإرشادات القائمة على النموذج لاختيار أجزائه البيولوجية. تعد جميع الأهداف في MOOD مهمة ، لذلك يتم تحسينها جميعًا في وقت واحد. وبالتالي ، نادرًا ما يكون الحل فريدًا ، ولكن هناك مجموعة من الحلول تسمى جبهة باريتو. وبهذا المعنى ، فإن جميع الحلول مثالية باريتو وتختلف عن بعضها البعض في مقايضة الأهداف التي يمثلها كل واحد. بعد ذلك ، يقلل التصميم من ترميز الديناميكيات المرغوبة بعناية في الأهداف ومشكلة التحسين نفسها في MOOD [28]. نتيجة لذلك ، يحصل المصمم على مناطق / فترات زمنية للمعلمات على طول جبهة باريتو مما يؤدي إلى السلوك المحدد مسبقًا للدائرة. على عكس البحث السلبي عن حلول للنُهج القائمة على مونت كارلو ، فإن نهج التحسين متعدد الأهداف يبحث بنشاط عن جميع الحلول المثلى كخطوة أولى. يوفر إطار عمل MOOD أيضًا بشكل طبيعي تصنيفًا للمعايير على طول جبهة باريتو ، من خلال مراعاة تأثيرها على كل هدف من الأهداف. علاوة على ذلك ، يسهل هذا الإطار تحليل تأثير السياق على الأجهزة الاصطناعية المراد تصميمها. يمكن القيام بذلك بمجرد دمج معلومات حول العلاقة بين الجهاز والسياق. بشكل عام ، هذا يعني أننا نحتاج فقط إلى معرفة مكان توصيل الجهاز الذي يتم تصميمه وكيفية توصيله. بتضمين هذه المعلومات في مشكلة التحسين ، نحصل على منطقة نوعية من المعلمات مع مراعاة تأثير السياق على الجهاز.

تم تنظيم ما تبقى من الورقة على النحو التالي. في الطرق ، يتم تقديم الإطار العام ودائرة التغذية الأمامية غير المتماسكة من النوع 1 (I1-FFL) التي سيتم استخدامها كدراسة حالة. بعد ذلك ، في النتائج ، يتم تطبيق المنهجية المقترحة على دراسة الحالة I1-FFL ، ويتم وصف النتائج الرئيسية للدائرة. كما تم النظر في اثنين من سيناريوهات التطبيق النموذجية للمنهجية. أخيرًا ، تم رسم بعض المناقشات والاستنتاجات العامة ، حول المنهجية ونتائجها في دراسة الحالة I1-FFL في أقسام المناقشة والاستنتاج.


الشكل 5

الشكل 5. تأثير تكوين التسلسل بين موقع ربط الريبوسوم وكودون البدء على مستويات التعبير. يظهر تسلسل الحمض النووي الريبي المقابل للمنطقة التي تهم كل بناء أسفل الرسم البياني الشريطي. المرجع يشير إلى البناء المرجعي RL027A. Scar 1 هو تسلسل الندبة القياسي في BioBrick. الندبة 2 هي تسلسل الندبة البديل الأقصر. يشير −3 A إلى إدخال ثلاثة مواضع A في بداية كودون البدء. pET21b هو نفس تسلسل المباعد الموجود في ناقل التعبير pET21b (Novagen). تشير RBS +1 و RBS +2 و RBS + 1 + 2 إلى توسعات RBS. يتم وضع خط تحت كل ميزة مقدمة في التسلسل المقابل. لاحظ أنه يتم عرض نصف موقع تقييد NdeI فقط لأن النصف المتبقي يتداخل مع كود البدء. تم التعبير عن كل بناء bicistrionic في المختبر مع نظام PUREsystem عند 37 درجة مئوية لمدة 6 ساعات. الجين 1 مشفر mCherry ، والجين 2 مشفر mVenus. تم رسم البيانات بالإشارة إلى RL027A.


مراجع

Abe، K.، Nomura، N.، and Suzuki، S. (2020). الأغشية الحيوية: البقع الساخنة لنقل الجينات الأفقي (HGT) في البيئات المائية ، مع التركيز على آلية HGT جديدة. FEMS ميكروبيول. ايكول. 96:31. دوى: 10.1093 / femsec / fiaa031

آدامز ، ب.ل (2016). الجيل القادم من هياكل البيولوجيا التركيبية: نقل البيولوجيا التركيبية من المختبر إلى الميدان. موالفة ACS. بيول. 5 ، 1328 & # x020131330. دوى: 10.1021 / acssynbio.6b00256

أحمد ، م ، أمين ، س ، صديقي ، ت.أو ، خان ، ب ، وأحمد ، أ (2016). مراقبة الخلايا الحية للجليسين بيتين بواسطة مستشعر النانو المشفر جينيًا القائم على FRET. بيوسنس. بيوإلكترون. 86 ، 169 & # x02013175. دوى: 10.1016 / j.bios.2016.06.049

أماريل ، ف. ، سانشيز-ميديروس ، أ. ، سيلفا-روشا ، R. ، وجوازاروني ، إم. (2019). توسيع صندوق الأدوات الخاص بنهايات النسخ واسعة النطاق للمضيف للبكتيريا البروتينية من خلال الميتاجينوميات. موالفة ACS. بيول. 8 ، 647 & # x02013654. دوى: 10.1021 / acssynbio.8b00507

أمينوف ، آر آي (2011). التبادل الجيني الأفقي في الكائنات الحية الدقيقة البيئية. أمام. ميكروبيول. 2: 158. دوى: 10.3389 / fmicb.2011.00158

آن ، دبليو ، وتشين ، جيه دبليو (2009). توليف شبكات ترجمة النسخ المتعامد. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 106 ، 8477 & # x020138482. دوى: 10.1073 / pnas.0900267106

أندام ، سي بي ، كارفر ، إس إم ، وبيرثرونج ، إس تي (2015). تدفق الجينات الأفقي في النظم البيئية المدارة. Annu. القس ايكول. Evol. النظام. 46 ، 121 & # x02013143. دوى: 10.1146 / annurev-ecolsys-112414-054126

آرتشر ، إي جيه ، روبنسون ، أ.ب ، و S & # x000FCel ، G.M (2012). مهندسة بكتريا قولونية التي تكشف عن التهاب القناة الهضمية وتستجيب له من خلال استشعار أكسيد النيتريك. موالفة ACS. بيول. 1 ، 451 & # x02013457. دوى: 10.1021 / sb3000595

Arias-Andres، M.، Kl & # x000FCmper، U.، Rojas-Jimenez، K.، and Grossart، H. P. (2018). يزيد تلوث اللدائن الدقيقة من التبادل الجيني في النظم الإيكولوجية المائية. بيئة. بولوت. 237 ، 253 & # x02013261. دوى: 10.1016 / j.envpol.2018.02.058

أرميتاج ، دي دبليو ، وجونز ، إس إي (2019). كيف يمكن لعدم تجانس العينة أن يحجب إشارة التفاعلات الميكروبية. ISME J. 13 ، 2639 & # x020132646. دوى: 10.1038 / s41396-019-0463-3

أرونسون ، إي إل ، أليسون ، إس دي ، وهيليكر ، بي آر (2013). التأثيرات البيئية على تنوع ميكروبات دورة الميثان والوظيفة الناتجة عنها. أمام. ميكروبيول. 4: 225. دوى: 10.3389 / fmicb.2013.00225

Bailly، X.، Olivieri، I.، Brunel، B.، Cleyet-Marel، J.-C، and B & # x000E9na، G. (2007). يقود نقل الجينات الأفقي وإعادة التركيب المتماثل تطور المتعايشات المثبتة للنيتروجين لأنواع Medicago. J. باكتيريول. 189 ، 5223 & # x020135236. دوى: 10.1128 / JB.00105-07

Balagurunathan، B.، Tan، L.، and Zhao، H. (2018). هندسة التمثيل الغذائي الإشريكية القولونية للإفراط في إنتاج الأسيتالديهيد باستخدام بيروفات ديكاربوكسيلاز من Zymomonas Mobilis. انزيم ميكروب. تكنول. 109 ، 58 & # x0201365. دوى: 10.1016 / j.enzmictec.2017.09.012

Bang ، S.-W. ، Clark ، D.S ، and Keasling ، J.D (2000). إنتاج كبريتيد الهيدروجين الهندسي وإزالة الكادميوم بالتعبير عن جين اختزال ثيوسلفات (phsABC) من السالمونيلا المعوية التيفيموريوم المصلي في الإشريكية القولونية. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 66 ، 3939 & # x020133944. دوى: 10.1128 / AEM.66.9.3939-3944.2000

Bardgett ، R.D ، Freeman ، C. ، and Ostle ، N.J. (2008). المساهمات الميكروبية في تغير المناخ من خلال التغذية المرتدة لدورة الكربون. ISME J. 2، 805 & # x02013814. دوى: 10.1038 / ismej.2008.58

باريا ، ت. ، بولاك ، س ، وإلدار ، أ. (2018). الاستشعار الذاتي في أنظمة استشعار النصاب العصوية الرقيقة. نات. ميكروبيول. 3 ، 83 & # x0201389. دوى: 10.1038 / s41564-017-0044-z

Baveye ، P. C. ، Otten ، W. ، Kravchenko ، A. ، Balseiro-Romero ، M. ، Beckers ، & # x000C9. ، Chalhoub ، M. ، et al. (2018). الخصائص الناشئة للنشاط الميكروبي في البيئات الدقيقة للتربة غير المتجانسة: مناهج البحث المختلفة تتقارب ببطء ، ولكن لا تزال هناك تحديات كبيرة. أمام. ميكروبيول. 9: 1929. دوى: 10.3389 / fmicb.2018.01929

Belliveau، N.M، Barnes، S. L.، Ireland، W. T.، Jones، D.L، Sweredoski، M.J، Moradian، A.، et al. (2018). منهج منهجي لتشريح الآليات الجزيئية لتنظيم النسخ في البكتيريا. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 115 ، E4796 & # x02013E4805. دوى: 10.1073 / pnas.1722055115

Bereza-Malcolm، L.، Aracic، S.، and Franks، A.E (2016). تطوير وتطبيق مستشعر حيوي للرصاص مشتق صناعياً لاستخدامه في البكتيريا سالبة الجرام. مجسات 16: 2174. دوى: 10.3390 / s16122174

بيريز مالكوم ، إل تي ، مان ، جي ، وفرانكس ، إيه إي (2015). الاستشعار البيئي للمعادن الثقيلة من خلال أجهزة الاستشعار الحيوية الميكروبية للخلية الكاملة: نهج البيولوجيا التركيبية. موالفة ACS. بيول. 4، 535 & # x02013546. دوى: 10.1021 / sb500286r

م.بلال ، وإقبال ، هـ.م.ن. (2019). أجهزة الاستشعار الحيوية المشتقة من الميكروبات لرصد الملوثات البيئية: التطورات الحديثة والتوقعات المستقبلية. عملية آمنة. بيئة. حماية. 124 ، 8 & # x0201317. دوى: 10.1016 / j.psep.2019.01.032

Blazejewski ، T. ، Ho ، H.-I. ، and Wang ، H.H (2019). يزيد تشابك التسلسل التركيبي من استقرار واحتواء المعلومات الوراثية في الخلايا. علم 365 ، 595 & # x02013598. دوى: 10.1126 / science.aav5477

Bongers، R. S.، Hoefnagel، M.HN، and Kleerebezem، M. (2005). إنتاج الأسيتالديهيد عالي المستوى في المكورات اللبنية عن طريق الهندسة الأيضية. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 71 ، 1109 & # x020131113. دوى: 10.1128 / AEM.71.2.1109-1113.2005

Bonnet، J.، Subsoontorn، P.، and Endy، D. (2012). تخزين البيانات الرقمية القابلة لإعادة الكتابة في الخلايا الحية من خلال التحكم الهندسي في اتجاه إعادة التركيب. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 109 ، 8884 & # x020138889. دوى: 10.1073 / pnas.1202344109

باوتشر ، واي. ، دوادي ، سي جي ، بابكي ، آر تي ، والش ، دي إيه ، بودرو ، إم إي آر ، نيسب & # x000F8 ، سي إل ، وآخرون. (2003). نقل الجينات الجانبي وأصول مجموعات بدائية النواة. Annu. القس جينيه. 37 ، 283 و # x02013328. دوى: 10.1146 / annurev.genet.37.050503.084247

برانشيني ، ب.ر. ، ساوثوورث ، ت. (2015). إنزيم محسن مستوحى من اليراع الخيمري لوسيفيراز للكشف عن ATP ومراسل التلألؤ البيولوجي وتطبيقات التصوير. شرجي. بيوتشيم. 484 ، 148 & # x02013153. دوى: 10.1016 / j.ab.2015.05.020

برانكو ، R. ، Crist & # x000F3v & # x000E3o ، A. ، and Morais ، P. V. (2013). ناقلة بيولوجية للخلية الكاملة شديدة الحساسية وعالية التحديد لاكتشاف الكرومات في العينات البيئية. بلوس واحد 8: e54005. دوى: 10.1371 / journal.pone.0054005

بروفي ، جيه إيه إن ، تريسي ، إيه جيه ، آدامز ، بي إل ، رينبيرج ، آر إل ، ستراتيس-كولوم ، دي إن ، جروسمان ، إيه دي ، إت آل. (2018). عناصر تكاملية ومقترنة مصممة لنقل الحمض النووي الفعال والمحفز إلى بكتيريا غير مبطنة. نات. ميكروبيول. 3 ، 1043 & # x020131053. دوى: 10.1038 / s41564-018-0216-5

بروفي ، ج.أ.ن. ، وفويجت ، س.أ. (2014). مبادئ تصميم الدوائر الجينية. نات. أساليب 11 و 508 و # x02013520. دوى: 10.1038 / nmeth.2926.003

باترباخ-باهل ، ك. ، باجز ، إي إم ، دانينمان ، إم ، كيزي ، آر ، وزيشميستر بولتينسترن ، س. (2013). انبعاثات أكسيد النيتروز من التربة: ما مدى فهمنا للعمليات وضوابطها؟ فيلوس. عبر. R. Soc. لوند. ب بيول. علوم. 368: 20130122. دوى: 10.1098 / rstb.2013.0122

كاميرون ، دي إي ، وكولينز ، جي جي (2014). تحلل البروتين القابل للانضباط في البكتيريا. نات. التكنولوجيا الحيوية. 32 ، 1276 & # x020131281. دوى: 10.1038 / nbt.3053

كابرا ، إي جيه ، ولوب ، إم ت. (2012). تطور أنظمة نقل الإشارة المكونة من عنصرين. Annu. القس ميكروبيول. 66 ، 325 & # x02013347. دوى: 10.1146 / annurev-micro-092611-150039

كارستيا ، إي إم ، بوبا ، سي إل ، بيكر ، إيه ، وبريدجمان ، جي (2020). فى الموقع قياسات الفلورة للمواد العضوية الذائبة: مراجعة. علوم. مجموع البيئة. 699: 134361. دوى: 10.1016 / j.scitotenv.2019.134361

Cavicchioli، R.، Ripple، W.J، Timmis، K.N، Azam، F.، Bakken، L.R، Baylis، M.، et al. (2019). العلماء & # x00027 تحذير للبشرية: الكائنات الحية الدقيقة وتغير المناخ. نات. القس ميكروبيول. 17 ، 569 & # x02013586. دوى: 10.1038 / s41579-019-0222-5

كايرون ، جيه ، برودينت ، إي ، إسكوفير ، سي ، جويجين ، إي ، ماندراند-بيرثيلوت ، إم- إيه ، بينول ، دي ، إت آل. (2017). دفع حدود الكشف عن النيكل إلى نطاق نانومولار باستخدام مجموعة من الإضاءة الحيوية الهندسية الإشريكية القولونية. بيئة. علوم. بولوت. الدقة. 24 و 4 و # x0201314. دوى: 10.1007 / s11356-015-5580-6

تشان ، سي تي واي ، لي ، جي دبليو ، كاميرون ، دي إي ، باشور ، سي جي ، وكولينز ، جي جي (2016). & # x0201CDeadman & # x0201D و & # x0201Casscode & # x0201D مفاتيح قتل الميكروبات لاحتواء البكتيريا. نات. تشيم. بيول. 12 ، 82 & # x0201386. دوى: 10.1038 / nchembio.1979

Chen ، W. ، Zhang ، S. ، Jiang ، P. ، Yao ، J. ، He ، Y. ، Chen ، L. ، et al. (2015). تصميم متحولة AraC مستجيبة للأوكتين وتطبيقاتها في الهندسة الأيضية للتخليق الحيوي للخارج. متعب. م. 30 ، 149 & # x02013155. دوى: 10.1016 / j.ymben.2015.05.004

تشنغ ، H.-Y. ، Masiello ، C.A ، Bennett ، G.N ، and Silberg ، J.J. (2016). إنتاج الغاز المتطاير بواسطة ترانسفيراز هاليد الميثيل: أ فى الموقع مراسل للتعبير الجيني الجرثومي في التربة. بيئة. علوم. تكنول. 50 ، 8750 & # x020138759. دوى: 10.1021 / acs.est.6b01415

تشنغ ، H.-Y. ، Masiello ، C.A ، Del Valle ، I. ، Gao ، X. ، Bennett ، G.N ، and Silberg ، J.J. (2018). الإبلاغ عن الغازات المتساوية: نهج غير مدمر لرصد التعبير الجيني في التربة. موالفة ACS. بيول. 7 ، 903 و # x02013911. دوى: 10.1021 / acssynbio.7b00405

تشي ، هـ ، وانج ، إكس ، شاو ، واي ، تشين ، واي ، دينج ، زد ، وانج ، إل ، وآخرون. (2019). هندسة وتعديل الهيكل الميكروبي للأنظمة والبيولوجيا التركيبية. موالفة. النظام. التكنولوجيا الحيوية. 4 ، 25 & # x0201333. دوى: 10.1016 / j.synbio.2018.12.001

شين ، تي ، هاريموتو ، تي ، كيبيك ، بي ، جراي ، ك ، كوكر ، سي ، بو ، ك ، وآخرون. (2019). مستشعرات حيوية متعددة للبكتيريا المدارية الدقيقة في الجسم الحي. bioRxiv 851311. دوى: 10.1101 / 851311

Cipullo ، S. ، Prpich ، G. ، Campo ، P. ، and Coulon ، F. (2018). تقييم التوافر البيولوجي للخلائط الكيميائية المعقدة في التربة الملوثة: التقدم المحرز واحتياجات البحث. علوم. مجموع البيئة. 615 ، 708 & # x02013723. دوى: 10.1016 / j.scitotenv.2017.09.321

كولينز ، سي إتش ، أرنولد ، إف إتش ، وليديبيتر ، جي آر (2005). تطور موجه لـ vibrio fischeri LuxR لزيادة الحساسية لمجموعة واسعة من لاكتونات أسيل-هوموسيرين. مول. ميكروبيول. 55 ، 712 & # x02013723. دوى: 10.1111 / j.1365-2958.2004.04437.x

كولينز ، سي إتش ، ليدبيتر ، جي آر ، وأرنولد ، إف إتش (2006). يعمل الاختيار المزدوج على تحسين خصوصية الإشارة لمتغير لمنشط النسخ لاستشعار النصاب LuxR. نات. التكنولوجيا الحيوية. 24 ، 708 & # x02013712. دوى: 10.1038 / nbt1209

كورتس ، إيه دي ، توماسون ، إل سي ، جيل ، آر تي ، وجرالنيك ، جيه إيه (2019). نظام إعادة تجميع جديد للتحرير الدقيق للجينوم في سلالة شيوانيلا ونيدنسيس MR-1 باستخدام أليغنوكليوتيدات أحادية الشريطة. علوم. اعادة عد. 9:39. دوى: 10.1038 / s41598-018-37025-4

Crozet ، P. ، Navarro ، F. J. ، Willmund ، F. ، Mehrshahi ، P. ، Bakowski ، K. ، Lauersen ، K. J. ، et al. (2018). ولادة هيكل ضوئي: مجموعة أدوات MoClo تمكن البيولوجيا التركيبية في الطحالب الدقيقة كلاميدوموناس رينهاردتي. موالفة ACS. بيول. 7 ، 2074 & # x020132086. دوى: 10.1021 / acssynbio.8b00251

Daeffler ، K. N. ، Galley ، J.D ، Sheth ، R.U. ، Ortiz-Velez ، L.C ، Bibb ، C.O. ، Shroyer ، N.F ، et al. (2017). هندسة مستشعرات الثيوكبريتات والرباعي البكتيرية للكشف عن التهاب الأمعاء. مول. النظام. بيول. 13: 923. دوى: 10.15252 / msb.20167416

Dai، Z.، Webster، T.M، Enders، A.، Hanley، K.L، Xu، J.، Thies، J. E.، et al. (2017). كفاءة استخراج الحمض النووي من التربة حيث تتأثر بدرجة حرارة الانحلال الحراري والكربون العضوي القابل للاستخراج من الفحم الحيوي عالي الرماد. التربة بيول. بيوتشيم. 115 ، 129 & # x02013136. دوى: 10.1016 / j.soilbio.2017.08.016

دانجي ، إيه كيه ، شارما ، بي ، هيل ، آر تي ، وشولكا ، بي (2018). المعالجة الحيوية من خلال الميكروبات: بيولوجيا النظم ونهج الهندسة الأيضية. كريت. القس التكنولوجيا الحيوية. 39 ، 79 & # x0201398. دوى: 10.1080 / 07388551.2018.1500997

دارلينجتون ، A.P.S ، Kim ، J. ، Jim & # x000E9nez ، J.I ، and Bates ، D.G (2018). يسهل التخصيص الديناميكي للريبوسومات المتعامدة فصل الجينات المعبر عنها بشكل مشترك. نات. كومون. 9: 695. دوى: 10.1038 / s41467-018-02898-6

دونيرت ، إس ، باريت ، جي ، فيليسيانو ، جي إس ، شيتي ، آر إس ، شريستا ، إس ، وسميث سبنسر ، دبليو (2000). أنظمة استشعار الخلية الكاملة المهندسة وراثيًا: اقتران الاعتراف البيولوجي بجينات المراسل. تشيم. القس. 100 ، 2705 & # x020132738. دوى: 10.1021 / cr990115p

دي لوس سانتوس ، إي إل سي ، مايرويتز ، جي تي ، مايو ، إس إل ، وموراي ، آر إم (2016). خصوصية مؤثر منظم النسخ الهندسي باستخدام التصميم الحسابي و في المختبر النماذج الأولية السريعة: تطوير مستشعر الفانيلين. موالفة ACS. بيول. 5 ، 287 & # x02013295. دوى: 10.1021 / acssynbio.5b00090

De Paepe، B.، Maertens، J.، Vanholme، B.، and De Mey، M. (2019). أجهزة الاستشعار الحيوية النسخية من نوع LysR الكيمري لتخصيص ملامح خصوصية الترابط تجاه مركبات الفلافونويد. موالفة ACS. بيول. 8 ، 318 & # x02013331. دوى: 10.1021 / acssynbio.8b00326

De Paepe، B.، Peters، G.، Coussement، P.، Maertens، J.، and De Mey، M. (2017). أجهزة الاستشعار الحيوية النسخية المصممة خصيصًا لتحسين مصانع الخلايا الميكروبية. J. الهند. ميكروبيول. التكنولوجيا الحيوية. 44 ، 623 و # x02013645. دوى: 10.1007 / s10295-016-1862-3

دي فيليب ، ب ، باتوت ، ج. ، وبويستارد ، ب. (1990). Rhizobium meliloti Fix L هو مستشعر للأكسجين وينظمه R. meliloti تختلف جينات nifA و fixK في الإشريكية القولونية. J. باكتيريول. 172 ، 4255 & # x020134262. دوى: 10.1128 / JB.172.8.4255-4262.1990

DeAngelis، K.M، Firestone، M.K، and Lindow، S.E (2007). جهاز استشعار حيوي كامل الخلية حساس ومناسب للكشف عن مجموعة متنوعة من لاكتونات N-acyl homoserine في المجتمعات الميكروبية السليمة لجذور الغلاف الجوي. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 73 ، 3724 & # x020133727. دوى: 10.1128 / AEM.02187-06

DeAngelis، K.M، Ji، P.، Firestone، M.K، and Lindow، S.E (2005). مستشعران حيويان بكتيريان جديدان للكشف عن توافر النترات في منطقة الجذور. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 71 ، 8537 & # x020138547. دوى: 10.1128 / AEM.71.12.8537-8547.2005

DeAngelis، K.M، Lindow، S.E، and Firestone، M.K (2008).استشعار النصاب البكتيري ودورة النيتروجين في تربة الجذور. FEMS ميكروبيول. ايكول. 66 ، 197 & # x02013207. دوى: 10.1111 / j.1574-6941.2008.00550.x

ديل فالي ، آي ، ويبستر ، تي إم ، تشنغ ، إتش- واي ، تييس ، جي إي ، كيسلر ، إيه ، ميلر ، إم كيه ، وآخرون. (2020). تقلل المادة العضوية في التربة من فعالية التواصل مع الميكروبات النباتية القائمة على الفلافونويد. علوم. حال. 6: إي ماكس 8254. دوى: 10.1126 / sciadv.aax8254

Deuschle، K.، Okumoto، S.، Fehr، M.، Looger، L.L، Kozhukh، L.، and Frommer، W.B (2005). بناء وتحسين عائلة من مستشعرات الأيض المشفرة وراثيا عن طريق هندسة البروتين شبه الوطنية. علوم البروتين. 14 ، 2304 & # x020132314. دوى: 10.1110 / ps.051508105

Dewhurst، R. E.، Wheeler، J.R، Chummun، K. S.، Mather، J.D، Callaghan، A.، and Crane، M. (2002). مقارنة المقايسات الحيوية السريعة لتقييم جودة المياه الجوفية الحضرية. الغلاف الكيميائي 47 ، 547 & # x02013554. دوى: 10.1016 / S0045-6535 (02) 00060-7

دينغ ، واي ، هاوز ، بي دي ، وديميلو ، إيه جي (2020). التطورات الحديثة في قطرات الموائع الدقيقة. شرجي. تشيم. 92 ، 132 & # x02013149. دوى: 10.1021 / acs.analchem.9b05047

D & # x000F6hlemann، J.، Brennecke، M.، and Becker، A. (2016). هندسة الجينوم الخالية من الاستنساخ في Sinorhizobium meliloti تقدم تطبيقات إعادة التركيب الخاصة بموقع Cre / loxP. J. Biotechnol. 233 ، 160 & # x02013170. دوى: 10.1016 / j.jbiotec.2016.06.033

دويدار ، م ، ويوكوباياشي ، واي (2017). المتابعة بيديلوفيبريو التعبير الجيني البكتيري والافتراس باستخدام محولات الريبوس الاصطناعية. موالفة ACS. بيول. 6 ، 2035 & # x020132041. دوى: 10.1021 / acssynbio.7b00171

Elsen، S.، Duch & # x000E9، O.، and Colbeau، A. (2003). التفاعل بين مستشعر H2 HupUV وهستيدين كيناز HupT يتحكم في تخليق HupSL hydrogenase في كبسولات رودوباكتر. J. باكتيريول. 185 ، 7111 & # x020137119. دوى: 10.1128 / JB.185.24.7111-7119.2003

Enzmann ، F. ، Mayer ، F. ، Rother ، M. ، and Holtmann ، D. (2018). الميثانوجينات: الخلفية البيوكيميائية وتطبيقات التكنولوجيا الحيوية. AMB Expr. 8: 1. دوى: 10.1186 / s13568-017-0531-x

فرهادي ، أ ، هو ، ج.إتش ، سوير ، دي بي ، بوردو ، آر دبليو ، وشابيرو ، إم جي (2019). التصوير بالموجات فوق الصوتية للتعبير الجيني في خلايا الثدييات. علم 365 ، 1469 & # x020131475. دوى: 10.1126 / science.aax4804

Farhan Ul Haque، M.، Nadalig، T.، Bringel، F.، Schaller، H.، and Vuilleumier، S. (2013). الناقل البيولوجي البكتيري المعتمد على الإسفار للكشف المحدد عن انبعاثات هاليد الميثيل في البيئة. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 79 ، 6561 & # x020136567. دوى: 10.1128 / AEM.01738-13

Forster ، P. ، Ramaswamy ، V. ، Artaxo ، P. ، Berntsen ، T. ، Betts ، R. ، Fahey ، D.W ، et al. (2007). & # x0201C التغييرات في مكونات الغلاف الجوي والتأثير الإشعاعي ، & # x0201D في تغير المناخ 2007: أساس العلوم الفيزيائية ، مساهمة من الفريق العامل الأول في تقرير التقييم الرابع للفريق الحكومي الدولي المعني بتغير المناخ، محرران ت. ناكاجيما وف. راماناثان (مطبعة جامعة كامبريدج) ، 106.

فريدلاند ، A. E. ، Lu ، T. K. ، Wang ، X. ، Shi ، D. ، Church ، G. ، and Collins ، J. J. (2009). شبكات الجينات التركيبية التي تحسب. علم 324 ، 1199 & # x020131202. دوى: 10.1126 / العلوم .1172005

فولك ، إي إم ، هوه ، دي ، أتكينسون ، جي تي ، لي ، إم ، ماسييلو ، سي إيه ، سيلبيرج ، جي جي (2020). انقسام وبوابة ترانسفيراز هاليد ميثيل هاليد تقوم بإعداد التقارير عن طريق تخليق غاز مؤشر. موالفة ACS. بيول. 9 ، 3104 & # x020133113. دوى: 10.1021 / acssynbio.0c00355

غيج ، دي جي ، هيرون ، بي إم ، أرانجو بينيدو ، سي ، وكاردون ، زي جي (2008). تقارير حية من حبوب التربة & # x02013 الوعد والتحدي من أجهزة الاستشعار الميكروبية. Funct. ايكول. 22 ، 983 و # x02013989. دوى: 10.1111 / j.1365-2435.2008.01464.x

Ganesh ، I. ، Gwon ، D. ، and Lee ، JW (2020). منظمات النسخ لاستشعار الغاز. التكنولوجيا الحيوية. ج. 15: 1900345. دوى: 10.1002 / biot.201900345

جاو ، ر. ، ولين ، دي جي (2005). استشعار الأس الهيدروجيني البيئي: حل مدخلات النظام المكون من مكونين VirA / VirG من أجل التسبب في الإصابة بالبكتيريا الزراعية. J. باكتيريول. 187 ، 2182 & # x020132189. دوى: 10.1128 / JB.187.6.2182-2189.2005

Gao، X.، Cheng، H.، Valle، I. D.، Liu، S.، Masiello، C.A، and Silberg، J.J (2016). يعطل الفحم الاتصالات الميكروبية في التربة من خلال مزيج من امتصاص الإشارات والتحلل المائي. أوميغا ACS 1 ، 226 & # x02013233. دوى: 10.1021 / acsomega.6b00085

غاردنر ، تي إس ، كانتور ، سي آر ، وكولينز ، جي جي (2000). إنشاء مفتاح تبديل وراثي في الإشريكية القولونية. طبيعة سجية 403 ، 339 & # x02013342. دوى: 10.1038 / 35002131

جاتوزو ، جي بي ، ماجنان ، إيه كيه ، بوب ، إل ، تشيونغ ، دبليو دبليو إل ، دوارتي ، سي إم ، هينكل ، جي ، إت آل. (2018). حلول المحيطات لمعالجة تغير المناخ وتأثيراته على النظم البيئية البحرية. أمام. مارس العلوم. 5:337. دوى: 10.3389 / fmars.2018.00337

جيلمان ، جي ، سينجلتون ، سي ، تينانت ، آر كيه ، جيمس ، بي ، هوارد ، تي بي ، لوكس ، تي ، وآخرون. (2019). الاكتشاف والإرشاد السريع وتصميم مجموعات المروج في الميكروبات غير النموذجية للتطبيقات الصناعية. موالفة ACS. بيول. 8 ، 1175 & # x020131186. دوى: 10.1021 / acssynbio.9b00061

جلاس ، ج.ب. ، وأورفان ، ف.ج. (2012). تتبع المتطلبات المعدنية للإنزيمات الميكروبية المشاركة في إنتاج واستهلاك الميثان وأكسيد النيتروز. أمام. ميكروبيول. 3:61. دوى: 10.3389 / fmicb.2012.00061

Gootenberg ، J. S. ، Abudayyeh ، O. O. ، Lee ، J.W ، Essletzbichler ، P. ، Dy ، A. J. ، Joung ، J. ، et al. (2017). كشف الحمض النووي باستخدام CRISPR-Cas13a / C2c2. علم 356 ، 438 & # x02013442. دوى: 10.1126 / العلوم .عم 9321

Gr & # x000E4we، A.، Dreyer، A.، Vornholt، T.، Barteczko، U.، Buchholz، L.، Drews، G.، et al. (2019). نظام حساس بيولوجي ورقي وخالٍ من الخلايا للكشف عن المعادن الثقيلة وعقاقير التمر. بلوس واحد 14: e0210940. دوى: 10.1371 / journal.pone.0210940

غروفمان ، بي إم ، باترباخ-باهل ، ك ، فولويلر ، آر دبليو ، جولد ، إيه جي ، مورس ، جي إل ، ستاندر ، إي كيه ، وآخرون. (2009). تحديات لدمج الظواهر المكانية والزمانية الصريحة (النقاط الساخنة واللحظات الساخنة) في نماذج نزع النتروجين. الكيمياء الحيوية 93 ، 49 & # x0201377. دوى: 10.1007 / s10533-008-9277-5

Guiziou ، S. ، Sauveplane ، V. ، Chang ، H.-J. ، Clert & # x000E9 ، C. ، Declerck ، N. ، Jules ، M. ، et al. (2016). جزء أدوات لضبط التعبير الجيني فيه العصوية الرقيقة. الدقة الأحماض النووية. 44 ، 7495 & # x020137508. دوى: 10.1093 / nar / gkw624

هاجيوارا ، د. ، ياماشينو ، ت. ، وميزونو ، ت. (2004). عرض على نطاق الجينوم لـ الإشريكية القولونية نظام BasS & # x02013BasR ثنائي المكون متورط في استجابات الحديد. بيوسكي. التكنولوجيا الحيوية. بيوتشيم. 68 ، 1758 & # x020131767. دوى: 10.1271 / bbb.68.1758

هام ، تي إس ، لي ، إس كيه ، كيسلينج ، جي دي ، وآركين ، إيه بي (2006). نظام تعبير محفز منظم بإحكام يستخدم مفتاح إعادة التركيب الانعكاسي. التكنولوجيا الحيوية. بيونج. 94 ، 1 & # x020134. دوى: 10.1002 / بت. 20916

هامورسكي ، ك.ت ، إنسور ، سي م ، باسيني ، ب ، و دونيرت ، س. (2012). نظام استشعار تبديل البروتين لتقدير الكبريتات. شرجي. بيوتشيم. 421 ، 172 & # x02013180. دوى: 10.1016 / j.ab.2011.10.023

هوكس ، جي إيه ، ديتمار ، تي ، باترياركا ، سي ، ترانفيك ، إل ، وبيرجكيست ، جي (2016). تقييم مطياف الكتلة المدارية لتحليل البصمات الجزيئية للمواد العضوية المذابة الطبيعية. شرجي. تشيم. 88 ، 7698 & # x020137704. دوى: 10.1021 / acs.analchem.6b01624

Heim، R.، Prasher، D.C، and Tsien، R.Y. (1994). طفرات الطول الموجي والأكسدة التلقائية اللاحقة للترجمة للبروتين الفلوري الأخضر. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 91 ، 12501 & # x0201312504. دوى: 10.1073 / pnas.91.26.12501

هيرون ، بي إم ، غيج ، دي جيه ، وكاردون ، زي جي (2010). يتم تصور التدرجات المحتملة للمياه على نطاق صغير في التربة حول أطراف جذور النبات باستخدام أجهزة استشعار ميكروبيوسية. بيئة الخلية النباتية. 33 ، 199 & # x02013210. دوى: 10.1111 / j.1365-3040.2009.02070.x

Hmelo ، L.R (2017). استشعار النصاب في البيئات الميكروبية البحرية. Annu. القس مار. علوم. 9 ، 257 & # x02013281. دوى: 10.1146 / أنوريف-مارين-010816-060656

H & # x000F8jberg، O.، Schnider، U.، Winteler، H. V.، S & # x000F8rensen، J.، and Haas، D. (1999). سلالة مراسل الاستشعار عن الأوكسجين تألق الزائفة لرصد توزيع الموائل منخفضة الأكسجين في التربة. تطبيق Env. ميكروبيول. 65 ، 4085 & # x020134093. دوى: 10.1128 / AEM.65.9.4085-4093.1999

Hoynes-O & # x00027Connor، A.، Shopera، T.، Hinman، K.، Creamer، J.P، and Moon، T. S. (2017). تمكين الدوائر الجينية المعقدة من الاستجابة للإشارات البيئية الخارجية. التكنولوجيا الحيوية. بيونج. 114 ، 1626 & # x020131631. دوى: 10.1002 / بت .26279

هوانغ ، دي ، هولتز ، دبليو جيه ، وماهاربيز ، إم إم (2012). مفتاح جيني ثنائي الاستقرار يستخدم تحلل البروتين غير الخطي. J. بيول. م. 6: 9. دوى: 10.1186 / 1754-1611-6-9

Huang ، J. ، Shi ، Y. ، Zeng ، G. ، Gu ، Y. ، Chen ، G. ، Shi ، L. ، et al. (2016). يعد استشعار النصاب القانوني القائم على حمض اللاكتون وإخماد النصاب القانوني أسيل-هوموسيرين لتحديد أداء معالجات مياه الصرف الصحي البيولوجية: نظرة عامة. الغلاف الكيميائي 157 ، 137 & # x02013151. دوى: 10.1016 / j.chemosphere.2016.05.032

هوانغ ، إكس ، شين ، جي إتش ، بينوشيه باروس ، إيه ، سو ، تي تي ، وهيلمان ، جي دي (2017). العصوية الرقيقة يقوم MntR بتنسيق تنظيم النسخ لامتصاص المنجنيز وأنظمة التدفق. مول. ميكروبيول. 103 ، 253 & # x02013268. دوى: 10.1111 / ملم .13554

جايجر ، سي إتش ، ليندو ، إس إي ، ميلر ، دبليو ، كلارك ، إي ، وفايرستون ، إم كيه (1999). رسم خرائط لتوافر السكر والأحماض الأمينية في التربة حول الجذور بأجهزة استشعار بكتيرية من السكروز والتربتوفان. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 65 ، 2685 & # x020132690. دوى: 10.1128 / AEM.65.6.2685-2690.1999

Jang ، Y.-J. ، Lee ، K.-H. ، Yoo ، T. H. ، and Kim ، D.-M. (2017). مقايسة ترجمة خالية من الخلايا التكميلية لتقدير الأحماض الأمينية. شرجي. تشيم. 89 ، 9638 & # x020139642. دوى: 10.1021 / acs.analchem.7b01956

Jansson ، J.K ، and Hofmockel ، K. S. (2018). ميكروبيوم التربة & # x02014 من metagenomics إلى metaphenomics. بالعملة. رأي. ميكروبيول. 43 ، 162 & # x02013168. دوى: 10.1016 / j.mib.2018.01.013

Jha ، R.K ، Bingen ، J.M ، Johnson ، C.W ، Kern ، T. L. ، Khanna ، P. ، Trettel ، D. S. ، et al. (2018). جهاز استشعار حيوي أولي لـ Pseudomonas putida KT2440 عن طريق المروج وتطور البروتين. متعب. م. كومون. 6 ، 33 & # x0201338. دوى: 10.1016 / j.meteno.2018.03.001

Johns، N.I، Gomes، A.LC، Yim، S. S.، Yang، A.، Blazejewski، T.، Smillie، C. S.، et al. (2018). يتيح التعدين الميتاجينومي للعناصر التنظيمية التعبير الجيني الانتقائي للأنواع القابلة للبرمجة. نات. أساليب 15 ، 323 و # x02013323. دوى: 10.1038 / نميث 4633

J & # x000F8rgensen، B. B.، Findlay، A. J.، and Pellerin، A. (2019). دورة الكبريت البيوجيوكيميائية للرواسب البحرية. أمام. ميكروبيول. ١٠: ٨٤٩. دوى: 10.3389 / fmicb.2019.00849

جوينر ، دي سي ، وليندو ، إس إي (2000). عدم تجانس التوافر البيولوجي للحديد في النباتات التي تم تقييمها باستخدام جهاز استشعار حيوي بكتيري كامل الخلية قائم على GFP. علم الاحياء المجهري 146 ، 2435 & # x020132445. دوى: 10.1099 / 00221287-146-10-2435

Jung ، J.K ، Alam ، K. K. ، Verosloff ، M. S. ، Capdevila ، D.A ، Desmau ، M. ، Clauer ، P. R. ، et al. (2020). أجهزة الاستشعار الحيوية الخالية من الخلايا للكشف السريع عن ملوثات المياه. نات. التكنولوجيا الحيوية. 38 ، 1451 & # x020131459. دوى: 10.1038 / s41587-020-0571-7

Kallmeyer ، J. ، Pockalny ، R. ، Adhikari ، R. R. ، Smith ، D.C ، and D & # x00027Hondt ، S. (2012). التوزيع العالمي للوفرة الميكروبية والكتلة الحيوية في الرواسب تحت سطح البحر. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 109 ، 16213 & # x0201316216. دوى: 10.1073 / pnas.1203849109

Kaper ، T. ، Lager ، I. ، Looger ، L.L ، Chermak ، D. ، and Frommer ، W.B (2008). مستشعرات نقل طاقة الرنين الفلوري للرصد الكمي لتراكم البنتوز وثنائي السكاريد في البكتيريا. التكنولوجيا الحيوية. الوقود الحيوي 1:11. دوى: 10.1186 / 1754-6834-1-11

كابلر ، أ ، وبريس ، سي (2017). دورات بيوجيوكيميائية مشفرة: كشف تفاعلات الأكسدة والاختزال المخفية. بيئة. ميكروبيول. 19 ، 842 & # x02013846. دوى: 10.1111 / 1462-2920.13687

كاريج ، دي ك (2017). بيولوجيا اصطناعية خالية من الخلايا لاستشعار البيئة ومعالجتها. بالعملة. رأي. التكنولوجيا الحيوية. 45 ، 69 & # x0201375. دوى: 10.1016 / j.copbio.2017.01.010

Karkman ، A. ، Do ، T. T. ، Walsh ، F. ، and Virta ، M.PJ (2017). الجينات المقاومة للمضادات الحيوية في مياه الصرف. اتجاهات ميكروبيول. 26 ، 220 & # x02013228. دوى: 10.1016 / j.tim.2017.09.005

كيربي ، آر إل ، يون ، هـ ، وروبرتس ، جي بي (2008). RcoM: منظم نسخي جديد مكون واحد من استقلاب ثاني أكسيد الكربون في البكتيريا. J. باكتيريول. 190 ، 3336 & # x020133343. دوى: 10.1128 / JB.00033-08

Kim، J.، Zhou، Y.، Carlson، P. D.، Teichmann، M.، Chaudhary، S.، Simmel، F.C، et al. (2019). من جديد-مصمم riboregulators لقمع الترجمة لمنطق خلوي متعدد المدخلات. نات. تشيم. بيول. 15 ، 1173 & # x020131182. دوى: 10.1038 / s41589-019-0388-1

كيم ، إن إم ، سينوت ، آر دبليو ، وساندوفال ، إن آر (2020). أجهزة الاستشعار الحيوية القائمة على عامل النسخ والأنظمة المحفزة في البكتيريا غير النموذجية: التقدم الحالي والاتجاهات المستقبلية. بالعملة. رأي. التكنولوجيا الحيوية. 64 ، 39 & # x0201346. دوى: 10.1016 / j.copbio.2019.09.009

King ، J.MH ، DiGrazia ، P. M. ، Applegate ، B. ، Burlage ، R. ، Sanseverino ، J. ، Dunbar ، P. ، et al. (1990). تقنية مراسلة سريعة وحساسة للتلألؤ البيولوجي للتعرض للنفثالين والتحلل البيولوجي. علم 249 ، 778 & # x02013781. دوى: 10.1126 / العلوم .249.4970.778

Kl & # x000FCmper، U.، Dechesne، A.، Riber، L.، Brandt، K. K.، G & # x000FClay، A.، S & # x000F8rensen، S. J.، et al. (2017). تعدل الضغوط المعدنية باستمرار إمكانات امتصاص البكتريا الزوجية للبلازميد بطريقة محفوظة نسبيًا. ISME J. 11 ، 152 & # x02013165. دوى: 10.1038 / ismej.2016.98.001

Kl & # x000FCmper ، U. ، Dechesne ، A. ، and Smets ، B. F. (2014). & # x0201C بروتوكول لتقييم سماح المجتمعات البكتيرية تجاه البلازميدات الزوجية عن طريق القياس الكمي وعزل المتحولين ، & # x0201D في بروتوكولات الأحياء الدقيقة الهيدروكربونية والدهنية، محرران T. McGenity و K. Timmis و B. Nogales (Berlin Heidelberg: Springer، Springer Protocols Handbooks)، 275 & # x02013288. دوى: 10.1007 / 8623_2014_36

Kotula ، J.W ، Kerns ، S. J. ، Shaket ، L.A ، Siraj ، L. ، Collins ، J.J ، Way ، J.C ، et al. (2014). تكتشف البكتيريا القابلة للبرمجة وتسجيل إشارة بيئية في أمعاء الثدييات. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 111 ، 4838 & # x020134843. دوى: 10.1073 / pnas.1321321111

كريمر ، إن إن ، كوستا ، إف ، ونيومان ، دي كيه (2015). ينشط نظام BqsRS المكون من عنصرين المستجيب للحديد الحديدي الجينات التي تعزز تحمل الإجهاد الموجب. مبيو 6 ، e02549 & # x02013e02514. دوى: 10.1128 / مبيو.02549-14

Kreamer، N.N.K، Wilks، J.C، Marlow، J.J، Coleman، M.L، and Newman، D.K. (2012). يشكل BqsR / bqs نظامًا مكونًا من مكونين يستشعر Fe خارج الخلية (II) في الزائفة الزنجارية. J. باكتيريول. 194 ، 1195 & # x020131204. دوى: 10.1128 / JB.05634-11

Krupke، A.، Hmelo، L.R، Ossolinski، J.E، Mincer، T.J، and Van Mooy، B.A.S (2016). يلعب استشعار النصاب دورًا معقدًا في تنظيم نشاط التحلل المائي بالإنزيم للميكروبات المرتبطة بالجسيمات الغارقة في المحيط. أمام. مارس العلوم. 3:55. دوى: 10.3389 / fmars.2016.00055

Kunjapur ، A.M ، and Prather ، K.LJ (2019). تطوير جهاز استشعار حيوي بالفانيليات لمسار التخليق الحيوي للفانيلين في بكتريا قولونية. موالفة ACS. بيول. 8 ، 1958 و # x020131967. دوى: 10.1021 / acssynbio.9b00071

كوشواها ، م ، وساليس ، هـ.م (2015). مورد تعبير محمول لهندسة الدوائر والمسارات الجينية عبر الأنواع. نات. كومون. 6: 7832. دوى: 10.1038 / ncomms8832

Kuypers ، M.M.M ، Marchant ، H.K ، and Kartal ، B. (2018). شبكة تدوير النيتروجين الميكروبي. نات. القس ميكروبيول. 16 و 263 و # x02013276. دوى: 10.1038 / nrmicro.2018.9

Kwon، K.K، Yeom، S.-J.، Lee، D.-H.، Jeong، K.J، and Lee، S.-G. (2018). تطوير مستشعر حيوي جديد للسيليلاز يكتشف التحلل المائي للسليلوز البلوري باستخدام منظم النسخ. بيوتشيم. بيوفيز. الدقة. كومون. 495 ، 1328 & # x020131334. دوى: 10.1016 / j.bbrc.2017.11.157

لاسي ، آر.إف ، وبيندر ، ب. (2016). ينظم الإيثيلين فسيولوجيا البكتيريا الزرقاء متزامن ص. PCC 6803 عبر مستقبل الإيثيلين. نبات فيزيول. 171 ، 2798 & # x02013809. دوى: 10.1104 / ص 16.00602

لام ، سي كيه إس سي سي ، جيكلز ، تي دي ، ريتشاردسون ، دي جي ، ورسل ، دي إيه (2006). مستشعر حيوي حامض الفوسفور قائم على الإسفار لتقدير الحديد المتاح بيولوجيًا في مياه المحيطات. شرجي. تشيم. 78 ، 5040 & # x020135045. دوى: 10.1021 / ac060223t

Landry ، B. P. ، Palanki ، R. ، Dyulgyarov ، N. ، Hartsough ، L.A ، and Tabor ، J.J. (2018). يقوم نشاط الفوسفاتيز بضبط عتبة اكتشاف مستشعر النظام المكون من عنصرين. نات. كومون. 9: 1433. دوى: 10.1038 / s41467-018-03929-y

لي ، آر إيه ، بويج ، إتش دي ، نجوين ، بي كيو ، أنجينينت ماري ، إن إم ، دونجيا ، إن إم ، ماكجي ، جي بي ، وآخرون. (2020). تشخيص فائق الحساسية قائم على CRISPR للكشف الميداني عن أنواع البلازموديوم في الملاريا المصحوبة بأعراض وعديمة الأعراض. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 117 ، 25722 & # x0201325731. دوى: 10.1073 / pnas.2010196117

Lehr ، F.-X. ، Hanst ، M. ، Vogel ، M. ، Kremer ، J. ، G & # x000F6ringer ، H.U ، Suess ، B. ، et al. (2019). نماذج أولية خالية من الخلايا للبوابات المنطقية AND-logic على أساس منشطات RNA غير المتجانسة. موالفة ACS. بيول. 8 ، 2163 & # x020132173. دوى: 10.1021 / acssynbio.9b00238

لينز ، أو. ، وفريدريش ، ب. (1998). يتوسط نظام تنظيمي جديد متعدد المكونات استشعار H2 في Alcaligenes eutrophus. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 95 ، 12474 & # x0201312479. دوى: 10.1073 / pnas.95.21.12474

ليونارد ، S. P. ، Perutka ، J. ، باول ، J.E. ، Geng ، P. ، Richhart ، D. D. ، Byrom ، M. ، et al. (2018). الهندسة الوراثية لبكتيريا ميكروبيوم أمعاء النحل مع مجموعة أدوات للتجميع المعياري للبلازميدات ذات النطاق العريض. موالفة ACS. بيول. 7 ، 1279 & # x020131290. دوى: 10.1021 / acssynbio.7b00399

ليفين ، إم زد ، جريجوريو ، إن إي ، جيويت ، إم سي ، واتس ، كيه آر ، وأوزا ، جي بي (2019). الإشريكية القولونيةتوليف البروتين الخالي من الخلايا: بروتوكولات لتكنولوجيا منصة قوية ومرنة ويمكن الوصول إليها. J. فيس. إكسب. 144: e58882. دوى: 10.3791 / 58882

Levskaya، A.، Chevalier، A. A.، Tabor، J. J.، Simpson، Z. B.، Lavery، L.A، Levy، M.، et al. (2005). هندسة الإشريكية القولونية لرؤية الضوء. طبيعة سجية 438 ، 441 & # x02013442. دوى: 10.1038 / nature04405

لي ، P.-S. ، Peng ، Z.-W. ، Su ، J. ، and Tao ، H.-C. (2014). بناء وتحسين أ Pseudomonas putida موصل حيوي كامل الخلية للكشف عن النحاس المتاح حيوياً. التكنولوجيا الحيوية. بادئة رسالة. 36 ، 761 & # x02013766. دوى: 10.1007 / s10529-013-1420-2

Li، S.، Wang، J.، Li، X.، Yin، S.، Wang، W.، and Yang، K. (2015). تحديد الجينوم وتقييم المروجين التأسيسي في العقدية. ميكروب. حقيقة الخلية. 14: 172. دوى: 10.1186 / s12934-015-0351-0

Liang، X.، Wagner، R.E، Li، B.، Zhang، N.، and Radosevich، M. (2019). يؤدي تحريض النبضة بوساطة إشارات استشعار النصاب إلى تغيير بنية المجتمع البكتيري في التربة. bioRxiv 805069. دوى: 10.1101 / 805069

لياو ، في.هـ. ، شين ، M.-T. ، تسينج ، Y.-Y. (2006). تقييم التوافر البيولوجي للمعادن الثقيلة في الرواسب والتربة الملوثة باستخدام أجهزة الاستشعار الحيوية البكتيرية الخضراء القائمة على البروتين الفلوري. بيئة. بولوت. 142 ، 17 & # x0201323. دوى: 10.1016 / j.envpol.2005.09.021

Libis ، V. ، Del & # x000E9pine ، B. ، and Faulon ، J.-L. (2016). استشعار مواد كيميائية جديدة بعوامل النسخ البكتيرية. بالعملة. رأي. ميكروبيول. 33 ، 105 & # x02013112. دوى: 10.1016 / j.mib.2016.07.006

Lindgren ، P. B. ، Frederick ، ​​R. ، Govindarajan ، A.G ، Panopoulos ، N.J. ، Staskawicz ، B. J. ، and Lindow ، S.E (1989). نظام جيني لمراسل تنوي الجليد: تحديد الجينات المسببة للأمراض في سيودوموناس سيرينجاي الكهروضوئية. Phaseolicola. EMBO J. 8 ، 1291 & # x020131301. دوى: 10.1002 / j.1460-2075.1989.tb03508.x

ليو ، سي سي ، جيويت ، إم سي ، تشين ، جي دبليو ، وفويغت ، سي إيه (2018). نحو عقيدة مركزية متعامدة. نات. تشيم. بيول. 14 ، 103 & # x02013106. دوى: 10.1038 / nchembio.2554

Liu ، H. ، Fan ، K. ، Li ، H. ، Wang ، Q. ، Yang ، Y. ، Li ، K. ، et al. (2019). دوائر الجينات الاصطناعية تمكن الإشريكية القولونية لاستخدام H2S الداخلي كجزيء إشارة لاستشعار النصاب القانوني. موالفة ACS. بيول. 8 ، 2113 & # x020132120. دوى: 10.1021 / acssynbio.9b00210

Liu، P.، Huang، Q.، and Chen، W. (2012). بناء وتطبيق جهاز استشعار حيوي خاص بالزنك لتقييم التثبيت والتوافر البيولوجي للزنك في أنواع التربة المختلفة. بيئة. بولوت. 164 ، 66 & # x0201372. دوى: 10.1016 / j.envpol.2012.01.023

Loeschcke ، A. ، Markert ، A. ، Wilhelm ، S. ، Wirtz ، A. ، Rosenau ، F. ، Jaeger ، K.-E. ، et al. (2013). TREX: أداة عالمية لنقل والتعبير عن مسارات التخليق الحيوي في البكتيريا. موالفة ACS. بيول. 2 ، 22 & # x0201333. دوى: 10.1021 / sb3000657

L & # x000F6nneborg، R.، Varga، E.، and Brzezinski، P. (2012). التطور الموجه لمنظم النسخ DntR: عزل المسوخ مع استجابة DNT المحسنة. بلوس واحد 7: e29994. دوى: 10.1371 / journal.pone.0029994

Loper ، J.E ، and Lindow ، S.E (1994). جهاز استشعار بيولوجي للحديد متاح للبكتيريا في موائلها على أسطح النباتات. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 60 ، 1934 & # x020131941. دوى: 10.1128 / AEM.60.6.1934-1941.1994

لورينز ، إم جي ، و واكرناجيل ، و. (1991). التردد العالي للتحول الجيني الطبيعي لـ Pseudomonas stutzeri في مستخلصات التربة المكملة بمصدر الكربون / الطاقة والفوسفور. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 57 ، 1246 & # x020131251. دوى: 10.1128 / AEM.57.4.1246-1251.1991

لو ، جي جيه ، فرهادي ، إيه ، زابلوفسكي ، جيه أوه ، لي جوسلين ، إيه ، بارنز ، إس آر ، لاكشمانان ، إيه ، وآخرون. (2018). التصوير بالرنين المغناطيسي المُعدَّل صوتيًا للبنى النانوية للبروتين المملوء بالغاز. نات. ماتر. 17 ، 456 & # x02013463. دوى: 10.1038 / s41563-018-0023-7

مالك ، A. A. ، Martiny ، J.BH ، Brodie ، E.L ، Martiny ، A.C ، Treseder ، K.K ، and Allison ، S.D (2020). تحديد الاستراتيجيات الميكروبية القائمة على السمات مع عواقبها على دورة كربون التربة في ظل تغير المناخ. ISME J. 14 ، 1 & # x020139. دوى: 10.1038 / s41396-019-0510-0

Mandell، D.J، Lajoie، M.J، Mee، M.T، Takeuchi، R.، Kuznetsov، G.، Norville، J.E، et al. (2015). الاحتواء البيولوجي للكائنات المعدلة وراثيا عن طريق تصميم البروتين التخليقي. طبيعة سجية 518 ، 55 & # x0201360. دوى: 10.1038 / nature14121

ماركلي ، إيه إل ، بيجيمان ، إم بي ، كلارك ، آر إي ، جوردون ، جي سي ، وفليجر ، بي إف (2015). مجموعة أدوات البيولوجيا التركيبية للتحكم في التعبير الجيني في البكتيريا الزرقاء المكورات المتزامنة ص. سلالة PCC 7002. موالفة ACS. بيول. 4 ، 595 & # x02013603. دوى: 10.1021 / sb500260k

مارتن ، جيه إي ، لي ، إم تي ، بهاتاري ، إن ، كابديفيلا ، دي إيه ، شين ، جي ، وينكلر ، إم إي ، وآخرون. (2019). ينشط المحول الريبي الذي يستشعر المنغنيز التعبير عن ناقل Mn2 & # x0002B / Ca2 & # x0002B ATPase في العقدية. الدقة الأحماض النووية. 47 ، 6885 & # x020136899. دوى: 10.1093 / nar / gkz494

Masiello ، C. A. ، Chen ، Y. ، Gao ، X. ، Liu ، S. ، Cheng ، H.-Y. ، Bennett ، M.R ، et al. (2013). الفحم الحيوي والإشارات الميكروبية: تحدد ظروف الإنتاج التأثيرات على الاتصالات الميكروبية. بيئة. علوم. تكنول. 47 ، 11496 & # x0201311503. دوى: 10.1021 / es401458s

Mathieu، O.، Leveque، J.، Henault، C.، Milloux، M.، Bizouard، F.، and Andreux، F. (2006). تم الكشف عن الانبعاث والتغير المكاني لأكسيد النيتروز والنيتروجين وأكسيد النيتروز على النطاق الميداني بتقنيات نظيرية 15 نيوتن. التربة بيول. بيوتشيم. 38 ، 941 & # x02013951. دوى: 10.1016 / j.soilbio.2005.08.010

ماكاي ، آر ، هوك ، بي ، كوان ، دي ، وبنتلي ، دبليو إي (2018). تطوير الحراس المستندة إلى الخلية لأكسيد النيتريك: ضمان التعبير الواسم والوسائط الأحادية. موالفة ACS. بيول. 7 ، 1694 & # x020131701. دوى: 10.1021 / acssynbio.8b00146

McNerney، M. P.، Zhang، Y.، Steppe، P.، Silverman، A. D.، Jewett، M.C، and Styczynski، M.P (2019). تم تمكين تقدير العلامات الحيوية في نقطة الرعاية بواسطة معايرة خاصة بالعينة. علوم. حال. 5: إي ماكس 4473. دوى: 10.1126 / sciadv.aax4473

ماير ، إيه جيه ، سيغال شابيرو ، تي إتش ، جلاسي ، إي ، تشانغ ، جيه ، وفويغت ، سي أ (2019). الإشريكية القولونية & # x0201CMarionette & # x0201D سلالات مع 12 مستشعرًا عاليًا للجزيئات الصغيرة. نات. تشيم. بيول. 15 ، 196 & # x02013204. دوى: 10.1038 / s41589-018-0168-3

ميمي ، م ، تاكر ، أ.س. ، فويجت ، س.أ. ، ولو ، ت.ك. (2015). برمجة جرثومة بشرية متعايشة ، Bacteroides thetaiotaomicron، للاستشعار والاستجابة للمنبهات في ميكروبيوتا الأمعاء. نظام الخلية. 1 ، 62 & # x0201371. دوى: 10.1016 / j.cels.2015.06.001

ميرونوف ، A. S. ، Gusarov ، I. ، Rafikov ، R. ، Lopez ، L.E ، Shatalin ، K. ، Kreneva ، R. A. ، et al. (2002). استشعار الجزيئات الصغيرة بواسطة الرنا الناشئ: آلية للتحكم في النسخ في البكتيريا. زنزانة 111 ، 747 & # x02013756. دوى: 10.1016 / S0092-8674 (02) 01134-0

Moe-Behrens، G.H.G، Davis، R.، and Haynes، K.A (2013). تحضير البيولوجيا التركيبية للعالم. أمام. ميكروبيول. 4: 5. دوى: 10.3389 / fmicb.2013.00005

M & # x000F6glich، A.، Ayers، R.A، and Moffat، K. (2009). آلية تصميم وإشارات لكينازات الهيستيدين المنظمة بالضوء. جيه مول. بيول. 385 ، 1433 & # x020131444. دوى: 10.1016 / j.jmb.2008.12.017

Morin ، D. ، Grasland ، B. ، Vall & # x000E9e-R & # x000E9hel ، K. ، Dufau ، C. ، and Haras ، D. (2003). الكشف عن الكروماتوغرافيا السائلة عالية الأداء وقياس الطيف الكتلي عبر الإنترنت وتحديد كمية لاكتونات N-acylhomoserine ، وجزيئات إشارة استشعار النصاب ، في وجود المصفوفات البيولوجية. تشروماتوجر. أ 1002 ، 79 & # x0201392. دوى: 10.1016 / S0021-9673 (03) 00730-1

موريس ، بي إي إل ، هينبيرجر ، آر ، هوبر ، إتش ، ومويسل إيشينغر ، سي (2013) التركيب الميكروبي: التفاعل من أجل الصالح العام. FEMS ميكروبيول. القس. 37 ، 384 و # x02013406. دوى: 10.1111 / 1574-6976.12019

موسر ، إف ، هورويتز ، أ ، تشين ، جيه ، ليم ، دبليو إيه ، وفويغت ، سي إيه (2013). مستشعر جيني لمركبات الميثلة القوية. موالفة ACS. بيول. 2 ، 614 & # x02013624. دوى: 10.1021 / sb400086p

مونك سي ، شيث ، آر يو ، فريدبيرج ، دي إي ، ووانغ ، إتش إتش (2020). تسجيل الحمض النووي المتحرك في ميكروبيوتا الأمعاء باستخدام ملف الإشريكية القولونية منصة الاستحواذ CRISPR-Cas spacer. نات. كومون. 11:95. دوى: 10.1038 / s41467-019-14012-5

Musovic، S.، Kl & # x000FCmper، U.، Dechesne، A.، Magid، J.، and Smets، B. F. (2014). يزيد التعرض طويل الأمد للسماد الطبيعي من قدرة مجتمع بكتيريا التربة على امتصاص البلازميد. بيئة. ميكروبيول. اعادة عد. 6 ، 125 & # x02013130. دوى: 10.1111 / 1758-2229.12138

مايرز ، K. S. ، Yan ، H. ، Ong ، I.M ، Chung ، D. ، Liang ، K. ، Tran ، F. ، et al. (2013). تحليل مقياس الجينوم الإشريكية القولونية يكشف FNR عن ميزات معقدة لربط عامل النسخ. بلوس جينيت. 9: e1003565. دوى: 10.1371 / journal.pgen.1003565

Nahvi، A.، Sudarsan، N.، Ebert، M. S.، Zou، X.، Brown، K.L، and Breaker، R. R. (2002). التحكم الجيني عن طريق مستقلب مرنا ملزم. تشيم. بيول. 9 ، 1043 & # x020131049. دوى: 10.1016 / S1074-5521 (02) 00224-7

المعاهد الوطنية للصحة (2019). إرشادات المعاهد الوطنية للصحة للبحوث المتعلقة بجزيئات الحمض النووي المؤتلف أو التركيبي. المعهد الوطني للصحة ، مكتب سياسة العلوم. متاح على الإنترنت على: https://osp.od.nih.gov/wp-content/uploads/2019_NIH_Guidelines.htm (تم الوصول إليه في 02 سبتمبر 2020).

Nikel ، P. I. ، Mart & # x000EDnez-Garc & # x000EDa ، E. ، and de Lorenzo ، V. (2014). التدجين التكنولوجي للحيوانات الكاذبة باستخدام البيولوجيا التركيبية. نات. القس ميكروبيول. 12 ، 368 و # x02013379. دوى: 10.1038 / nrmicro3253

Olson، D.G، Maloney، M.، Lanahan، A.A، Hon، S.، Hauser، L.J، and Lynd، L.R (2015). تحديد المروجين للتعبير الجيني في المطثية الحرارية. متعب. م. كومون. 2 ، 23 & # x0201329. دوى: 10.1016 / j.meteno.2015.03.002

أولسون ، إي جيه ، وتابور ، جيه ج. (2012). تعمل أدوات ما بعد الترجمة على توسيع نطاق علم الأحياء التركيبي. بالعملة. رأي. تشيم. بيول. 16 ، 1 & # x020137. دوى: 10.1016 / j.cbpa.2012.06.003

اليتيم ، ف.ج. (2009). طرق الكشف عن الشراكات الميكروبية الخفية في الطبيعة. بالعملة. رأي. ميكروبيول. 12 ، 231 & # x02013237. دوى: 10.1016 / j.mib.2009.04.003

Outten ، F.W ، and Theil ، E.C (2009). مفاتيح الأكسدة والاختزال القائمة على الحديد في علم الأحياء. مضادات الأكسدة. إشارة الأكسدة والاختزال. 11 ، 1029 & # x020131046. دوى: 10.1089 / ars.2008.2296

Pardee ، K. ، Green ، A. A. ، Ferrante ، T. ، Cameron ، D. E. ، DaleyKeyser ، A. ، Yin ، P. ، et al. (2014). شبكات الجينات الاصطناعية الورقية. زنزانة 159 ، 940 & # x02013954. دوى: 10.1016 / j.cell.2014.10.004

Pardee ، K. ، Green ، A. A. ، Takahashi ، M.K ، Braff ، D. ، Lambert ، G. ، Lee ، J.W ، et al. (2016). اكتشاف سريع ومنخفض التكلفة لفيروس زيكا باستخدام مكونات جزيئية حيوية قابلة للبرمجة. زنزانة 165 ، 1255 & # x020131266. دوى: 10.1016 / j.cell.2016.04.059

باسكو ، إن إف ، ويلد ، آر جيه ، هاي ، جي إم ، وجونيراتني ، ر. (2011). تطوير وتطبيقات أجهزة الاستشعار الحيوية للخلايا الكاملة لاختبار السمية البيئية. شرجي. بيوانال. تشيم. 400 ، 931 & # x02013945. دوى: 10.1007 / s00216-011-4663-6

Peca، L.، K & # x000F3s، P. B.، M & # x000E1t & # x000E9، Z.، Farsang، A.، and Vass، I. (2008). بناء سلالات مراسلة للبكتيريا الزرقاء الضيائية الحيوية للكشف عن النيكل والكوبالت والزنك. FEMS ميكروبيول. بادئة رسالة. 289 ، 258 & # x02013264. دوى: 10.1111 / j.1574-6968.2008.01393.x

بيدرازا ، جي إم ، وفان أوديناردين ، أ. (2005). انتشار الضوضاء في شبكات الجينات. علم 307 ، 1965 & # x020131969. دوى: 10.1126 / العلوم .109090

بينج ، سي ، بريس ، سي ، سوندمان ، إيه ، وكابلر ، إيه (2019). التدوير الخفي للمركبات التي تحتوي على الحديد (III) والمواد العضوية بواسطة البكتيريا المؤكسدة للحديد (II) الضوئية. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 85 ، e02826 & # x02013e02818. دوى: 10.1128 / AEM.02826-18

Peng ، L. ، Zhou ، J. ، Liu ، G. ، Yin ، L. ، Ren ، S. ، Man ، S. ، et al. (2020). جهاز aptasensor المعتمد على CRISPR-Cas12a لاكتشاف ATP الحساس والاختياري. السيناتور المشغلات ب كيم. 320: 128164. دوى: 10.1016 / j.snb.2020.128164

فايفر ، ف. (2012). توزيع وتشكيل وتنظيم الحويصلات الغازية. نات. القس ميكروبيول. 10 ، 705 & # x02013715. دوى: 10.1038 / nrmicro2834

Pfl & # x000FCger، T.، Hern & # x000E1ndez، C. F.، Lewe، P.، Frank، F.، Mertens، H.، Svergun، D.، et al. (2018). تشوير الأمونيوم عبر الأغشية من خلال مستشعر الأمونيوم هيستيدين كيناز. نات. كومون. 9: 164. دوى: 10.1038 / s41467-017-02637-3

Piekarski ، T. ، Buchholz ، I. ، Drepper ، T. ، Schobert ، M. ، Wagner-Doebler ، I. ، Tielen ، P. ، et al. (2009). الأدوات الجينية للتحقيق روزوباكتر البكتيريا clade. BMC ميكروبيول. 9: 265. دوى: 10.1186 / 1471-2180-9-265

Pini، F.، East، A. K.، Appia-Ayme، C.، Tomek، J.، Karunakaran، R.، Mendoza-Su & # x000E1rez، M.، et al. (2017). أجهزة الاستشعار البكتيرية في الجسم الحي رسم الخرائط الزمانية المكانية لإفراز الجذر. نبات فيزيول. 174 ، 1289 & # x020131306. دوى: 10.1104 / ص 16.01302

بينيلا-ريدوندو ، R. ، Cyriaque ، V. ، Jacquiod ، S. ، S & # x000F8rensen ، S.J ، and Riber ، L. (2018). مراقبة نقل الجينات الأفقي بوساطة البلازميد في الميكروبيومات: التطورات الحديثة والآفاق المستقبلية. بلازميد 99 ، 56 & # x0201367. دوى: 10.1016 / j.plasmid.2018.08.002

بيرانير ، دي آي ، عابدي ، إم إتش ، موزر ، بي إيه ، لي-جوسلين ، إيه ، وشابيرو ، إم جي (2017). المحولات الحيوية الحرارية القابلة للضبط لـ في الجسم الحي مراقبة العلاجات الميكروبية. نات. تشيم. بيول. 13 ، 75 & # x0201380. دوى: 10.1038 / nchembio.2233

برينديل ، إيه ، ليو ، جيه ، أسالي ، إم ، لي ، إس ، جارسيا أوجالفو ، جيه ، آند إس آند # x000FCel ، جي إم (2015). تمكّن القنوات الأيونية الاتصالات الكهربائية في المجتمعات البكتيرية. طبيعة سجية 527 ، 59 & # x0201363. دوى: 10.1038 / nature15709

راماكريشنان ، ب. ، وتابور ، جيه ج. (2016). تغيير الغرض متزامن PCC6803 UirS & # x02013UirR كأداة تنظيمية للنسخ الضوئي للأشعة فوق البنفسجية / البنفسجية / الخضراء في بكتريا قولونية. موالفة ACS. بيول. 5 ، 733 & # x02013740. دوى: 10.1021 / acssynbio.6b00068

Ravikumar، S.، Ganesh، I.، Yoo، I.، and Hong، S.H (2012a). بناء جهاز استشعار حيوي بكتيري للزنك والنحاس وتطبيقه على تطوير بكتيريا امتصاص المعادن الثقيلة متعددة الوظائف. عملية Biochem. 47 ، 758 & # x02013765. دوى: 10.1016 / j.procbio.2012.02.007

رافيكومار ، س ، فام ، ف.د ، لي ، إس.اتش ، يو ، آي ، وهونج ، إس إتش (2012 ب). تعديل أنظمة CusSR البكتيرية المكونة من عنصرين عن طريق إدخال حلقة ردود فعل إيجابية محفزة. J. الهند. ميكروبيول. التكنولوجيا الحيوية. 39 ، 861 & # x02013868. دوى: 10.1007 / s10295-012-1096-y

Ravikumar، S.، Yokimiko، D.، Park، S.J، and Choi، J. (2018). نظام تنظيمي وهمي مكون من عنصرين الإشريكية القولونية جهاز استشعار بيولوجي مصمم لاكتشاف الغلوتامات. تطبيق بيوتشيم. التكنولوجيا الحيوية. توتووا 186 ، 335 & # x02013349. دوى: 10.1007 / s12010-018-2746-y

Reeve، B.، Martinez-Klimova، E.، de Jonghe، J.، Leak، D.J، and Ellis، T. (2016). مجموعة البلازميد geobacillus: مجموعة أدوات معيارية للهندسة المحبة للحرارة. موالفة ACS. بيول. 5 ، 1342 & # x020131347. دوى: 10.1021 / acssynbio.5b00298

ريبيرو ، إل إف ، بريسان ، إف ، فورتادو ، جي بي ، ميريليس ، إف ، أند وارد ، آر جيه (2013). الكشف عن د-زيلوز في الإشريكية القولونية من خلال استجابة تعتمد على البروتين الزيلوز. J. Biotechnol. 168 ، 440 & # x02013445. دوى: 10.1016 / j.jbiotec.2013.10.019

Riglar ، D. T. ، Giessen ، T.W ، Baym ، M. ، Kerns ، S.J ، Niederhuber ، M.J ، Bronson ، R. T. ، et al. (2017). يمكن للبكتيريا المهندسة أن تعمل في أمعاء الثدييات على المدى الطويل كتشخيص حي للالتهاب. نات. التكنولوجيا الحيوية. 35 ، 653 & # x02013658. دوى: 10.1038 / nbt.3879

ريجلار ، د.ت. ، وسيلفر ، ب.أ. (2018). هندسة البكتيريا للتطبيقات التشخيصية والعلاجية. نات. القس ميكروبيول. 16 ، 214 & # x02013225. دوى: 10.1038 / nrmicro.2017.172

روبرتس ، جي بي ، ثورستينسون ، إم في ، كيربي ، آر إل ، لانزيلوتا ، دبليو إن ، وبولوس ، تي (2001). CooA: بروتين تنظيمي يحتوي على الهيم ويعمل كمستشعر محدد لكل من حالة أول أكسيد الكربون وحالة الأكسدة والاختزال. بروغ. Res الحمض النووي. مول. بيول. 67 ، 35 & # x0201363. دوى: 10.1016 / S0079-6603 (01) 67024-7

Rohlhill، J.، Sandoval، N.R، and Papoutsakis، E. T. (2017). نهج Sort-Seq لهندسة محفز يحفز الفورمالديهايد للتنظيم ديناميكيًا الإشريكية القولونية النمو على الميثانول. موالفة ACS. بيول. 6 ، 1584 & # x020131595. دوى: 10.1021 / acssynbio.7b00114

Ronda، C.، Chen، S. P.، Cabral، V.، Yaung، S.J، and Wang، H.H. (2019). الهندسة الميتاجينومية لميكروبيوم أمعاء الثدييات فى الموقع. نات. أساليب 16 ، 167 & # x02013170. دوى: 10.1038 / s41592-018-0301-y

روكيت ، ن. ، سليماني ، أ.ب ، فيريس ، أ.س. ، آرونسون ، س ، ولو ، ت.ك. (2016). آلات الحالة القائمة على إعادة التركيب المركب في الخلايا الحية. علم 353: aad8559. دوى: 10.1126 / العلوم. aad8559

روبن ، بي إي ، دياموند ، إس ، كريس ، بي إف ، كريتس كريستوف ، إيه ، هي ، سي ، شو ، إم ، وآخرون. (2020). تحرير الجينوم المستهدف للبكتيريا داخل المجتمعات الميكروبية. bioRxiv 1 & # x0201349. دوى: 10.1101 / 2020.07.17.209189

سايتو ، ك. ، وناجاي ، ت. (2015). التقدم الأخير في تطوير البروتينات المضيئة. بالعملة. رأي. تشيم. بيول. 27 ، 46 & # x0201351. دوى: 10.1016 / j.cbpa.2015.05.029

Salis، H.M، Mirsky، E.A، and Voigt، C.A (2009). تصميم آلي لمواقع ربط الريبوسوم الاصطناعي للتحكم بدقة في تعبير البروتين. نات. التكنولوجيا الحيوية. 27 ، 946 & # x02013950. دوى: 10.1038 / nbt.1568.2

شميدل ، إس آر ، إكنيس ، إف ، سوفجان ، ك ، دايفلر ، كيه إن إم ، برينك ، كي آر ، لاندري ، بي بي ، وآخرون. (2019). إعادة توصيل الأنظمة البكتيرية المكونة من عنصرين عن طريق تبديل مجال ربط الحمض النووي المعياري. نات. تشيم. بيول. 15 ، 690 & # x02013698. دوى: 10.1038 / s41589-019-0286-6

شميت ، إف ، تشيريبكوفا ، إم واي ، وبلات ، آر جيه (2018). تسجيل النسخ عن طريق الحصول على فاصل كريسبر من الحمض النووي الريبي. طبيعة سجية 562، 380 & # x02013385. دوى: 10.1038 / s41586-018-0569-1

شميدت ، إم دبليو آي ، تورن ، إم إس ، أبيفن ، إس ، ديتمار ، تي ، جوجينبيرجر ، جي ، يانسنز ، آي إيه ، وآخرون. (2011). ثبات المادة العضوية في التربة باعتبارها خاصية للنظام الإيكولوجي. طبيعة سجية 478 ، 49 & # x0201356. دوى: 10.1038 / nature10386

Selvamani ، V. ، Ganesh ، I. ، Maruthamuthu ، M. ، kannan ، Eom ، G. T. ، and Hong ، S.H (2017). نظام هندسي مكون من عنصرين الإشريكية القولونية من عند باراكوكوس الميثانول لاستشعار الميثانول. التكنولوجيا الحيوية. هندسة العمليات الحيوية. 22 ، 225 & # x02013230. دوى: 10.1007 / s12257-016-0484-y

Sen، S.، Apurva، D.، Satija، R.، Siegal، D.، and Murray، R.M (2017). تصميم صندوق أدوات لمقاييس حرارة الحمض النووي الريبي. موالفة ACS. بيول. 6 ، 1461 & # x020131470. دوى: 10.1021 / acssynbio.6b00301

سيرجانوف ، أ ، ونودلر ، إي (2013). عقد من المحولات الريبية. زنزانة 152 ، 17 & # x0201324. دوى: 10.1016 / j.cell.2012.12.024

Sey، B. K.، Manceur، A.M، Whalen، J.K، Gregorich، E.G، and Rochette، P. (2008). عدم التجانس على نطاق صغير في إنتاج ثاني أكسيد الكربون وأكسيد النيتروز والميثان من ركام التربة الرملية الطينية المزروعة. التربة بيول. بيوتشيم. 40 ، 2468 & # x020132473. دوى: 10.1016 / j.soilbio.2008.05.012

شانر ، إن سي ، شتاينباخ ، ب.أ ، وتسين ، آر واي (2005). دليل لاختيار بروتينات الفلورسنت. نات. أساليب 2 ، 905 & # x02013909. دوى: 10.1038 / nmeth819

شابيرو ، إم جي ، النوايا الحسنة ، P.W ، Neogy ، A. ، Yin ، M. ، Foster ، F. S. ، Schaffer ، D.V ، et al. (2014). الهياكل النانوية للغاز الحيوي كمراسلين جزيئي بالموجات فوق الصوتية. نات. النانو. 9 ، 311 & # x02013316. دوى: 10.1038 / nnano.2014.32.005

Sheets ، M.B ، Wong ، W.W ، and Dunlop ، M.J (2020). recombinases المستحثة للضوء لعلم البصريات الوراثي البكتيري. موالفة ACS. بيول. 9 ، 227 & # x02013235. دوى: 10.1021 / acssynbio.9b00395

شيمر ، ب ، شبيجل ، إ. ، حزان ، سي ، كابيسا ، ي. ، أغرانات ، أ.ج. ، وبلكين ، س. (2020). الكشف عن المتفجرات المدفونة مع الناقلات الحيوية البكتيرية المعطلة. ميكروب. التكنولوجيا الحيوية. دوى: 10.1111 / 1751-7915.13683. [النشر الإلكتروني قبل الطباعة].

شيث ، ر.أ.و ، ووانج ، هـ.إتش (2018). أجهزة الذاكرة المعتمدة على الحمض النووي لتسجيل الأحداث الخلوية. نات. القس جينيه. 19 ، 718 & # x02013732. دوى: 10.1038 / s41576-018-0052-8

Sheth ، R.U. ، Yim ، S. S. ، Wu ، F.L ، and Wang ، H.H (2017). التسجيل المتعدد للأحداث الخلوية بمرور الوقت على شريط كريسبر البيولوجي. علم 358 ، 1457 & # x020131461. دوى: 10.1126 / science.aao0958

شيميزو ، تي ، شين ، جيه ، فانغ ، إم ، زانغ ، واي ، هوري ، كيه ، ترينيداد ، جي سي ، وآخرون. (2017). يعمل ضاغط النسخ المستجيب للكبريتيد SqrR كمنظم رئيسي لعملية التمثيل الضوئي المعتمدة على الكبريتيد. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 114 ، 2355 & # x020132360. دوى: 10.1073 / pnas.1614133114

شيس ، دي إل ، وبينيت ، إم آر (2013). مكتبة النسخ والبوابات الاصطناعية المبنية باستخدام طفرات بوليميراز T7 RNA المنقسمة. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 110 ، 5028 & # x020135033. دوى: 10.1073 / pnas.1220157110

شيس ، دي إل ، حسين ، إف ، مينهاردت ، إس ، سوينت كروز ، إل ، وبينيت ، إم آر (2014). بوابات منطقية منطقية متعددة المدخلات مع بوابات متعامدة من عائلة LacI / GalR. موالفة ACS. بيول. 3 ، 645 & # x02013651. دوى: 10.1021 / sb500262f

Siedler، S.، Khatri، N.K، Zsoh & # x000E1r، A. Z.، Kjaerb & # x000F8lling، I.، Vogt، M.، Hammar، P.، et al. (2017). تطوير جهاز استشعار حيوي بكتيري للفحص السريع لإنتاج الخميرة p-coumaric acid. موالفة ACS. بيول. 6 ، 1860 و # x020131869. دوى: 10.1021 / acssynbio.7b00009

Siedler، S.، Stahlhut، S.G، Malla، S.، Maury، J.، and Neves، A.R (2014). مستشعرات حيوية جديدة تعتمد على منظمات النسخ المستجيبة للفلافونويد المقدمة إلى الإشريكية القولونية. متعب. م. 21، 2 & # x020138. دوى: 10.1016 / j.ymben.2013.10.011

سيلفرمان ، إيه دي ، كيلي-لوفنان ، إن ، لاكس ، جي بي ، وجويت ، إم سي (2019). تفكيك إعداد خلاصة خالية من الخلايا ل في المختبر تفعيل الدوائر الوراثية النسخية. موالفة ACS. بيول. 8 و 403 و # x02013414. دوى: 10.1021 / acssynbio.8b00430

سايمون ، أ.ج. ، وإلينغتون ، أ.د (2016). التطورات الحديثة في السلامة الأحيائية التخليقية. F1000 البحث 5: F1000 Faculty Rev-2118. دوى: 10.12688 / f1000research.8365.1

Siuti، P.، Yazbek، J.، and Lu، T.K. (2013). دوائر اصطناعية تدمج المنطق والذاكرة في الخلايا الحية. نات. التكنولوجيا الحيوية. 31 ، 448 & # x02013452. دوى: 10.1038 / nbt.2510

Snoek، T.، Chaberski، E.K، Ambri، F.، Kol، S.، Bj & # x000F8rn، S.P، Pang، B.، et al. (2020). الهندسة الموجهة بالتطور لأجهزة الاستشعار الحيوية ذات الجزيئات الصغيرة. الدقة الأحماض النووية. 48: هـ 3. دوى: 10.1093 / nar / gkz954

Solscheid، C.، Kunzelmann، S.، Davis، C.T، Hunter، J.L، Nofer، A.، and Webb، M.R (2015). تطوير مستشعر حيوي غير كاشف للفوسفات غير العضوي ، قابل للتطبيق على نطاق تركيز واسع. الكيمياء الحيوية 54 ، 5054 & # x020135062. دوى: 10.1021 / acs.biochem.5b00449

Soltani ، M. ، Davis ، B. R. ، Ford ، H. ، Nelson ، JA D. ، and Bundy ، B.C (2018). إعادة هندسة تخليق البروتين الخالي من الخلايا كمستشعر حيوي: التحسس الحيوي بالنسخ والترجمة وطي البروتين. بيوتشيم. م. ج. 138 ، 165 & # x02013171. دوى: 10.1016 / j.bej.2018.06.014

ستانتون ، ب.سي ، نيلسن ، أ.أ.ك ، تمسير ، أ ، كلانسي ، ك. ، بيترسون ، ت. ، وفويجت ، س.أ. (2014). التعدين الجينومي لمثبطات بدائية النواة للبوابات المنطقية المتعامدة. نات. تشيم. بيول. 10 ، 99 & # x02013105. دوى: 10.1038 / nchembio.1411

ستين ، إيه دي ، كريتس كريستوف ، إيه ، كاريني ، بي ، دي أنجليس ، كيه إم ، فيرير ، إن ، لويد ، كيه جي ، إت آل. (2019). تظل نسب عالية من البكتيريا والعتائق في معظم المناطق الأحيائية غير مستزرعة. ISME J. 13 ، 3126 & # x020133130. دوى: 10.1038 / s41396-019-0484-y

ستيرلينغ ، إف ، بيتسان ، إل ، أو & # x00027 كيف ، إس ، ريدفيلد ، إي ، أوليفر ، جي دبليو كيه ، واي ، جي ، وآخرون. (2017). التصميم العقلاني لمفاتيح القتل الميكروبية المستقرة تطوريًا. مول. زنزانة 68، 686 & # x02013697.e3. دوى: 10.1016 / j.molcel.2017.10.033

ستوكر ، ر. (2012). ترى الميكروبات البحرية بحرًا من التدرجات. علم 338 ، 628 & # x02013633. دوى: 10.1126 / العلوم .1208929

Stubbendieck ، R.M ، Vargas-Bautista ، C. ، and Straight ، P. D. (2016). المجتمعات البكتيرية: تفاعلات على نطاق واسع. أمام. ميكروبيول. 7: 1234. دوى: 10.3389 / fmicb.2016.01234

Sturme، M.H J.، Kleerebezem، M.، Nakayama، J.، Akkermans، A.DL، Vaughan، E.E، and de Vos، W.M (2002). التواصل بين الخلية والخلية عن طريق التحريض الذاتي للببتيدات في البكتيريا موجبة الجرام. أنتوني فان ليفينهوك 81 ، 233 & # x02013243. دوى: 10.1023 / أ: 1020522919555

تابور ، ج. ، ليفسكايا ، أ ، وفويجت ، سي أ. (2011). تحكم متعدد الألوان في التعبير الجيني في الإشريكية القولونية. جيه مول. بيول. 405 ، 315 & # x02013324. دوى: 10.1016 / j.jmb.2010.10.038

تاكاهاشي ، إم ك ، هايز ، سي إيه ، تشابيل ، ج ، صن ، زد.ز. ، موراي ، آر إم ، نويرو ، ف ، وآخرون. (2015). توصيف ونمذجة الشبكات الجينية باستخدام النسخ الخالي من الخلايا وتفاعلات الترجمة # x02013. أساليب 86 ، 60 & # x0201372. دوى: 10.1016 / j.ymeth.2015.05.020

Tang، Q.، Lu، T.، and Liu، S.-J. (2018). تطوير مجموعة أدوات البيولوجيا التركيبية لـ Comamonas تستوستيروني، هيكل خلوي ناشئ للمعالجة الحيوية. موالفة ACS. بيول. 7 ، 1753 & # x020131762. دوى: 10.1021 / acssynbio.7b00430

Tang، S.-Y.، Fazelinia، H.، and Cirino، P.C (2008). طفرات البروتين التنظيمي AraC مع تغيير خصوصية المستجيب. جيه. تشيم. شركة 130 ، 5267 & # x020135271. دوى: 10.1021 / ja7109053

Tashiro ، Y. ، Kimura ، Y. ، Furubayashi ، M. ، Tanaka ، A. ، Terakubo ، K. ، Saito ، K. ، et al. (2016). التطور الموجه لانتقائية المحرض الذاتي لـ vibrio fischeri LuxR. ج. الجنرال. أبل. ميكروبيول. 62 ، 240 & # x02013247. دوى: 10.2323 / jgam.2016.04.005

تيكون ، ر. ، إبراهيمي ، أ ، كليير ، هـ ، وإريف ليفي س.أور د. (2018). التفاعلات البكتيرية من خلية إلى خلية يتم تعزيزها بواسطة ظروف أكثر جفافاً على أسطح التربة. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 15 ، 9791 & # x020139796. دوى: 10.1073 / pnas.1808274115

تيكون ر. أو د. (2017). العمليات الفيزيائية الحيوية التي تدعم تنوع الحياة الميكروبية في التربة. FEMS ميكروبيول. القس. 41 ، 599 & # x02013623. دوى: 10.1093 / femsre / fux039

ثافاراجاه ، دبليو ، سيلفرمان ، إيه دي ، فيروسلوف ، إم إس ، كيلي-لوفنان ، إن ، جيويت ، إم سي ، ولوكس ، جي بي (2020). كشف نقطة الاستخدام للفلورايد البيئي عبر جهاز استشعار حيوي خالٍ من الخلايا قائم على المحول الريبي. موالفة ACS. بيول. 9 و 10 & # x0201318. دوى: 10.1021 / acssynbio.9b00347

طومسون ، أ ، وجوين ، ك.و. (2012). مقدمة في امتصاص المكونات الكيميائية في التربة. نات. تعليم. نول. 4:7.

Tibazarwa ، C. ، Corbisier ، P. ، Mench ، M. ، Bossus ، A. ، Solda ، P. ، Mergeay ، M. ، et al. (2001). جهاز استشعار حيوي ميكروبي للتنبؤ بالنيكل المتاح حيوياً في التربة وانتقاله إلى النباتات. بيئة. بولوت. 113 ، 19 & # x0201326. دوى: 10.1016 / S0269-7491 (00) 00177-9

تويوفوكو ، إم ، نومورا ، إن ، فوجي ، تي ، تاكايا ، إن ، ماسيدا ، إتش ، ساوادا ، آي ، وآخرون. (2007). استشعار النصاب ينظم نزع النتروجين في الزائفة الزنجارية PAO1. J. باكتيريول. 189 ، 4969 & # x020134972. دوى: 10.1128 / JB.00289-07

van der Meer، J.R، and Belkin، S. (2010). حيث يلتقي علم الأحياء الدقيقة مع الهندسة الدقيقة: تصميم وتطبيقات البكتيريا المراسل. نات. القس ميكروبيول. 8 ، 511 & # x02013522. دوى: 10.1038 / nrmicro2392

van Elsas، J.D، and Bailey، M.J. (2002). بيئة نقل العناصر الوراثية المتنقلة. FEMS ميكروبيول. ايكول. 42 ، 187 & # x02013197. دوى: 10.1111 / j.1574-6941.2002.tb01008.x

Venterea، R. T.، Halvorson، A. D.، Kitchen، N.، Liebig، M.A، Cavigelli، M.A، Grosso، S.JD، et al. (2012). التحديات والفرص للتخفيف من انبعاثات أكسيد النيتروز من أنظمة المحاصيل المخصبة. أمام. ايكول. بيئة. 10 ، 562 & # x02013570. دوى: 10.1890 / 120062

Verosloff، M.، Chappell، J.، Perry، K.L، Thompson، J.R، and Lucks، J.B (2019). PLANT-Dx: تشخيص جزيئي للكشف عن مسببات الأمراض النباتية في نقطة الاستخدام. موالفة ACS. بيول. 8 ، 902 & # x02013905. دوى: 10.1021 / acssynbio.8b00526

Visick ، ​​K.L ، and Fuqua ، C. (2005). فك تشفير الثرثرة الميكروبية: التواصل بين الخلايا الخلوية في البكتيريا. J. باكتيريول. 187 ، 5507 & # x020135519. دوى: 10.1128 / JB.187.16.5507-5519.2005

Visick ، ​​K. L. ، Hodge-Hanson ، K.M ، Tischler ، A.H ، Bennett ، A.K ، and Mastrodomenico ، V. (2018). أدوات الهندسة الوراثية السريعة لل vibrio fischeri. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 84 ، e00850 & # x0201318. دوى: 10.1128 / AEM.00850-18

Voyvodic ، P. L. ، Pandi ، A. ، Koch ، M. ، Conejero ، I. ، Valjent ، E. ، Courtet ، P. ، et al. (2019). تعمل محولات الطاقة الأيضية التي يتم توصيلها وتشغيلها على توسيع مساحة الكشف الكيميائي لأجهزة الاستشعار الحيوية الخالية من الخلايا. نات. كومون. 10: 1697. دوى: 10.1038 / s41467-019-09722-9

Wan، X.، Volpetti، F.، Petrova، E.، French، C.، Maerkl، S.J، and Wang، B. (2019). تعمل دوائر التضخيم المتتالية على تمكين أجهزة الاستشعار الخلوية فائقة الحساسية للمعادن السامة. نات. تشيم. بيول. 15 ، 540 & # x02013548. دوى: 10.1038 / s41589-019-0244-3

وانج ، ب ، باراهونا ، م ، وباك ، م. (2013). مستشعر حيوي معياري قائم على الخلية يستخدم دوائر منطقية وراثية هندسية لاكتشاف ودمج إشارات بيئية متعددة. بيوسنس. بيوإلكترون. 40 ، 368 & # x02013376. دوى: 10.1016 / j.bios.2012.08.011

وانغ ، ف ، وتشانغ ، و. (2019). البيولوجيا التركيبية: التقدم الأخير ، مخاوف السلامة البيولوجية والأمن البيولوجي ، والحلول الممكنة. J. بيوساف. بيوسكور. 1 ، 22 & # x0201330. دوى: 10.1016 / j.jobb.2018.12.003

Wang ، G. ، Zhao ، Z. ، Ke ، J. ، Engel ، Y. ، Shi ، Y.-M. ، Wang ، G. ، et al. (2019). يتيح CRAGE التنشيط السريع لمجموعات الجينات التخليقية الحيوية في البكتيريا غير المبطنة. نات. ميكروبيول. 4 ، 2498 & # x020132510. دوى: 10.1038 / s41564-019-0573-8

وانغ ، كيو ، ليو ، ج. ، وتشو ، هـ. (2018). الآليات الجينية والجزيئية الكامنة وراء الخصوصية التكافلية في التفاعلات البقولية والجذيرية. أمام. علوم النبات. 9: 313. دوى: 10.3389 / fpls.2018.00313

Wasmund ، K. ، Mu & # x000DFmann ، M. ، and Loy ، A. (2017). الحياة الكبريتية: البيئة الميكروبية لدورة الكبريت في الرواسب البحرية. بيئة. ميكروبيول. اعادة عد. 9 ، 323 & # x02013344. دوى: 10.1111 / 1758-2229.12538

Watstein ، D.M ، McNerney ، M.P ، and Styczynski ، M.P (2015). هندسة التمثيل الغذائي الدقيقة للتخليق الحيوي الكاروتين في الإشريكية القولونية نحو جهاز استشعار حيوي منخفض التكلفة. متعب. م. 31، 171 & # x02013180. دوى: 10.1016 / j.ymben.2015.06.007

ون ، ك.ي. ، كاميرون ، إل ، تشابيل ، جيه ، جنسن ، ك ، بيل ، دي جيه ، كيلويك ، آر ، وآخرون. (2017). مستشعر حيوي خالٍ من الخلايا لاكتشاف جزيئات استشعار النصاب في P. الزنجارية عينات الجهاز التنفسي المصابة. موالفة ACS. بيول. 6 ، 2293 & # x020132301. دوى: 10.1021 / acssynbio.7b00219

Whitfill، T.، and Oh، J. (2019). إعادة ترميز الميتاجينوم: هندسة الميكروبيوم في الموقع. بالعملة. رأي. ميكروبيول. 50 ، 28 & # x0201334. دوى: 10.1016 / j.mib.2019.09.005

ويتمان ، دبليو بي ، كولمان ، دي سي ، ويبي ، دبليو جيه (1998). بدائيات النوى: الغالبية غير المرئية. بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 95 ، 6578 & # x020136583. دوى: 10.1073 / pnas.95.12.6578

Widder ، S. ، Allen ، R. J. ، Pfeiffer ، T. ، Curtis ، T. P. ، Wiuf ، C. ، Sloan ، W. T. ، et al. (2016). التحديات في علم البيئة الميكروبية: بناء فهم تنبؤي لوظيفة المجتمع وديناميكياته. ISME J. 10 ، 2557 & # x020132568. دوى: 10.1038 / ismej.2016.45.007

W & # x000F6sten، M. M. S. M.، Kox، L.FF، Chamnongpol، S.، Soncini، F.C، and Groisman، E.A (2000). نظام نقل إشارة يستجيب للحديد خارج الخلية. زنزانة 103 ، 113 & # x02013125. دوى: 10.1016 / S0092-8674 (00) 00092-1

Xiu ، Y. ، Jang ، S. ، Jones ، J.A ، Zill ، N.A ، Linhardt ، R.J. ، Yuan ، Q. ، et al. (2017). وحدة الاستشعار البيولوجي الفلورية المستندة إلى الريبوسويتش المستجيبة من Naringenin لـ الإشريكية القولونية الثقافات المشتركة. التكنولوجيا الحيوية. بيونج. 114 ، 2235 & # x020132244. دوى: 10.1002 / بت .26340

يانغ ، إل ، نيلسن ، أ.ك ، فرنانديز-رودريغيز ، جيه ، مكلون ، سي جيه ، لوب ، إم تي ، لو ، تي ك ، وآخرون. (2014). ذاكرة جينية دائمة بسعة & # x0003E1 بايت. نات. أساليب 11 ، 1261 & # x020131266. دوى: 10.1038 / نميث 3147

Yang ، Y.-H. ، Kim ، T.-W. ، Park ، S.-H. ، Lee ، K. ، Park ، H.-Y. ، Song ، E. ، et al. (2009). خالٍ من الخلايا الإشريكية القولونية- نظام قائم على فحص جزيئات استشعار النصاب التي تتفاعل مع بروتينات مستقبل النصاب Streptomyces coelicolor. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 75 ، 6367 & # x020136372. دوى: 10.1128 / AEM.00019-09.005

ييم ، إس إس ، جونز ، إن آي ، بارك ، جيه ، جوميز ، إيه إل ، ماكبي ، آر إم ، ريتشاردسون ، إم ، وآخرون. (2019). توصيفات نسخ متعددة عبر أنواع بكتيرية متنوعة باستخدام أنظمة خالية من الخلايا. مول. النظام. بيول. 15: e8875. دوى: 10.15252 / msb.20198875

Zheng ، Y. ، Meng ، F. ، Zhu ، Z. ، Wei ، W. ، Sun ، Z. ، Chen ، J. ، et al. (2019). مفتاح محفز على البارد محكم تم إنشاؤه عن طريق اقتران الأجزاء التنظيمية النسخية والمحللة للبروتين الحساسة للحرارة. الدقة الأحماض النووية. 47: e137. دوى: 10.1093 / nar / gkz785

تشو ، هـ ، جونزاليس ، آر ، وبوبيك ، ت. أ. (2011). الإنتاج المشترك للأسيتالديهيد والهيدروجين أثناء تخمير الجلوكوز بواسطة الإشريكية القولونية. تطبيق بيئة. ميكروبيول. 77 ، 6441 & # x020136450. دوى: 10.1128 / AEM.05358-11

Zimmerman ، A.E. ، Howard-Varona ، C. ، Needham ، D.M ، John ، S.G ، Worden ، A.Z. ، Sullivan ، M.B ، et al. (2020). العواقب الأيضية والكيميائية الحيوية للعدوى الفيروسية في النظم الإيكولوجية المائية. نات. القس ميكروبيول. 18 ، 21 & # x0201334. دوى: 10.1038 / s41579-019-0270-x

Zou، Z.-P.، and Ye، B.-C. (2020). تقرير قابل لإعادة الكتابة على المدى الطويل وتسجيل المحفزات البيئية في المجموعات البكتيرية المهندسة. موالفة ACS. بيول. 9 ، 2440 & # x020132449. دوى: 10.1021 / acssynbio.0c00193

Z & # x000FA & # x000F1iga، A.، Fuente، F.DL، Federici، F.، Lionne، C.، B & # x000F4nnet، J.، De Lorenzo، V.، et al. (2018). يتيح الجهاز المصمم هندسيًا لإنتاج حمض اللاكسيتيك تحت إشارات استشعار النصاب Cupriavidus pinatubonensis JMP134 لتحفيز نمو النبات. موالفة ACS. بيول. 7 ، 1519 & # x020131527. دوى: 10.1021 / acssynbio.8b00002

الكلمات المفتاحية: البيولوجيا التركيبية ، علم الأحياء الدقيقة البيئي ، الكيمياء الجيولوجية الحيوية ، أجهزة الاستشعار الحيوية ، أجهزة الاستشعار الخالية من الخلايا ، البحرية ، التربة ، مياه الصرف الصحي

الاقتباس: Del Valle I و Fulk EM و Kalvapalle P و Silberg JJ و Masiello CA و Stadler LB (2021) ترجمة تطورات البيولوجيا التركيبية الجديدة للاستشعار الحيوي في علوم الأرض والبيئة. أمام. ميكروبيول. 11: 618373. دوى: 10.3389 / fmicb.2020.618373

تم الاستلام: 16 أكتوبر 2020 القبول: 17 ديسمبر 2020
تاريخ النشر: 04 فبراير 2021.

كريستوفر باغويل ، مختبر شمال غرب المحيط الهادئ الوطني (DOE) ، الولايات المتحدة

سانج جون لي ، جامعة تشونج أنج ، كوريا الجنوبية
تيتسوهيرو هاريموتو ، جامعة كولومبيا ، الولايات المتحدة

حقوق النشر & # x000A9 2021 Del Valle و Fulk و Kalvapalle و Silberg و Masiello و Stadler. هذا مقال مفتوح الوصول يتم توزيعه بموجب شروط ترخيص Creative Commons Attribution License (CC BY). يُسمح بالاستخدام أو التوزيع أو الاستنساخ في منتديات أخرى ، بشرط أن يُنسب الفضل إلى المؤلف (المؤلفين) الأصليين ومالك (مالكي) حقوق الطبع والنشر وأن يتم الاستشهاد بالمنشور الأصلي في هذه المجلة ، وفقًا للممارسات الأكاديمية المقبولة. لا يُسمح بأي استخدام أو توزيع أو إعادة إنتاج لا يتوافق مع هذه الشروط.


شاهد الفيديو: تحليل المسار متعدد المجموعات باستخدام برنامج AMOSالجرء الثاني (كانون الثاني 2023).